孙中山担任中华民国临时大总统时，曾经制作了一枚总统大印，这枚总统印在非正式时期用过几次，但是后来因为一些变故，总统大印丢失，下落变成了一个谜题。
1、大印的首次启用
1912年1月1日，孙中山在南京原清朝两江总督署宣誓就任中华民国临时大总统。在就职典礼上，孙中山宣誓曰：倾覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福，此国民之公意，文实遵之，以忠于国，为众服务。至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职。谨以此誓于国民。
接着，各省代表会的山西代表景耀月代表各省致颂词，汤尔和致欢迎词。据江苏代表袁希洛回忆，1911年12月31日，“我去江苏都督府将篆刻好的‘中华民国临时大总统印’捧回代表团（注：即各省代表会），各代表推我在总统就职时为授印代表……”1912年1月1日晚，在孙中山宣誓后，“我手持大总统印授予总统，总统受印，交秘书长盖于宣言上。”大印的印文为“中华民国临时大总统印”。
孙中山立正躬身敬受后，立即启印加盖于《中华民国大总统孙文宣言书》、《通告海陆军将士文》的文告之上。一般说，这是大印的首次启用。但《民立报》1月2日报道，是景耀月“致送大总统印绶”。
其实，在此之前，大印已经非正式地使用过了几次。在总统就职典礼之前，有的省的代表提议，何不将代表的名字写于纸上，再加盖大总统印以作为纪念？这一建议得到众代表的赞同，于是，代表们取出了专门的宣纸信笺，信笺的左右上方各有两行小字，分别是“纪念状”和“孙大总统莅任纪念”。各位代表纷纷将某省名和本人姓名写于信笺上，文字是“某省代表某某中华民国元年正月元旦总统莅任之纪念”字样，再盖上“中华民国临时大总统印”。有的代表不在场，就由他人代写代盖了。
2、治印的时间
从孙中山1月1日宣誓就职，到4月1日正式解职，共在位92天。在这一时期，南京临时政府发表了着名的《大总统宣言书》、《通告海陆军将士文》，以及《约束士兵令》、《整顿吏治令》、《文官考试令》、《剪辫通令》等一批在近代中国有重大影响的着名的历史文件和文告，并颁发了大量委任状、任免状、旌义状等等，同时加签“孙文”二字。在这些文告和文件中，所使用的都是一方“中华民国临时大总统印”十个篆字的、长宽各11公分的正方形印章，以此来代行临时政府及临时大总统的全部职权。
大印是何时制作的？从南京光复，到确定定都南京，只有十多天的时间。各省代表会的议员们以及革命党内部一直在喋喋不休地争论国体的问题，甚至为要不要“临时”二字争得面红耳赤。就是孙中山也不同意用“临时”二字。12月27日，各省代表马君武等人专程赴上海，向孙中山汇报组建临时政府问题。
孙中山说，“总统就是总统，临时二字，可以不要。”28日，马君武等回南京后，向各省代表会报告了在上海与孙中山商讨的情况。代表会认为，“临时大总统名称，除去临时字样，因各省有未独立者，正式宪法尚未制定，正式总统亦无从产生，仍须冠以临时字样”。决定正式名称仍是“中华民国临时大总统”。否决了孙中山的意见。也就是说，直至28日才最后确定了大印的印文为“中华民国临时大总统印”。而江苏代表袁希洛将大印捧回是31日。以此推断，制作大印的时间是29日、30日两天。
3、大印的形状、质地及镌刻者
查阅所有文档及照片，海峡两岸所举办的所有展览，以及所有的出版物中，从来没有看过这方大印的“尊容”，都是“只见印文不见物”。至于大印的质地是玉质、铜质、木质，或是其他质地？未见任何文字记载。在南京总统府的史料陈列中，展出的是一方木制的大印，而且印钮“隐藏”在锦盒中，难见其真容。而在所有当事人的回忆中，也没有关于大印形状的只字片语。至于大印的作者，在一篇回忆文章中留下了这样一行字：江苏都督府的大印，为南京民间金石刻手砥奇峰所刻制。由此推断，“中华民国临时大总统印”极有可能也出自砥奇峰之手。
南京临时政府是在清朝地方政府两江总督署刚刚垮台的基础上成立的，其政府所在地就是原来的清朝衙署。孙中山担任临时政府的临时大总统期间，一切都是极其简陋和仓促的，陆海军的军服全部沿用清朝旧制，包括办公用房、设备等等。孙中山曾说，“南京新政府无庸建设华丽宫殿，昔日有在旷野树下组织新政府者。今如无合宜房宇，盖设棚厂以代之亦无不可”。大印自然也不例外。
从12月29日孙中山当选临时大总统，到1月初临时政府发布文件文告等等，也就几天的时间，而此时已经大量使用了这方大印。以此推断，不排除大印用木头刻制并暂时代用，待政府运行正常后再刻制铜质大印。而几天时间要刻制铜印，绝非易事。如用玉质，找这么一大块玉材也不是短时间能做到的。
4、大印今何在？
大印如今又在何处？根据1912年4月的《民立报》记载，孙中山在4月1日前往临时参议院行解职礼，诵读完解职词后，“即将临时大总统印交还参议院”。按照程序和常理，参议院在北迁后，应将大印交给下任临时大总统袁世凯使用。
而第二任临时大总统袁世凯在北京就任后，并没有使用南方政府的“中华民国临时大总统印”，在政府的正式文告和文件中，使用的均是印文只有四字的“大总统印”，印文为铁线篆刻，长宽各12.8公分，比孙中山使用的大印略大。那么，袁世凯为何没有使用这方大印呢？大印象征着权力，没有战乱不至于散失。孙中山的南京临时政府与袁世凯的北京临时政府是和平交接的，因此可以排除丢失或损毁，或散失在民间的可能。
在南京的中国第二历史档案馆保存有多颗民国政府的大印（已被切角），但唯独没有这一颗。如果几经辗转到了台湾，今天台湾有“国父纪念馆”、“国史馆”、“国民党党史馆”及诸多孙中山的纪念研究单位，如果大印存在，完全可以拿出来研究和展览。可是在其出版的孙中山史料和画册中，也只有印文，不见印钮形状的任何踪影。
这枚“中华民国临时大总统印”就这样失踪了，留给我们的是一个个未解的谜题。关于它下落的线索我们还需要慢慢寻找，希望可以早日找到它的踪迹。