从乾隆到嘉庆年间，全国各地许多民族发生了反官府反地主的起义斗争。其中主要的有如下几支：
1、苗民起义
乾隆六十年（1795年），湖南、贵州、四川三省的苗民起义。这次起义的原因，是由苗族地区在“改土归流”后，汉族官僚地主及商人不断侵占苗族人民的土地、将“苗地”化为“民地”引起的。贵州松桃厅（今松桃苗族自治县）苗民石柳邓首先发动起义，湖南永绥厅苗民石三保及乾州厅（今吉首西南）苗民吴八月相继起而响应。这次起义继续了十二年，直到庆十一年（1806年），才被镇压下去。
2、白莲教起义
在与苗民起义的同时，湖北、四川、陕西一带又发生了白莲教起义。白莲教是民间的秘密结社，其教义是宣传弥勒佛下凡，人民可以得救。
这次农民起义，以“官逼民反”为号召。嘉庆元年（1796年），湖北宜都、枝江人民在张正谟等领导下，首先举起义旗。接着，襄阳姚之富和女艺人王聪儿（齐王氏）等起而响应，不到两月，有众数万人。随后，四川达州（今达县）徐天德和东乡（今宣汉）冷天禄、王三槐等也相继而起。次年，湖北起义军由姚之富、王聪儿率领分路进攻河南、陕西。嘉庆三年，作战失利，王聪儿、姚之富一同牺牲。此后四川的徐天德等继续斗争。这次起义共历时九年，席卷湖北、四川、河南、陕西、甘肃五省，到嘉庆九年（1804年）被镇压下去。
3、天理教起义
嘉庆十八年（1813年），又爆发了天理教起义，天理教是白莲教的一支，又名八卦教。当时信徒很多，遍布河北、河南、山东、山西等省。河南滑县李文成和北京林清是主要教首。李文成和林清预定嘉庆十八年九月十五日同时发动起义，但因李文成行动暴露，被滑县知县逮捕入狱，群众遂提前起义，救出李文成，占据滑县城，号召四方。林清则按期行事，在北京南之黄村组织队伍，以二百人潜入城内，于九月十五日，在入教太监的导引下，分由东、西华门攻进清宫。由东华门入者因门急闭，仅进入十余人，其余被阻于门外散回。由西华门入者因未被阻，全队进入，聚攻隆宗门。时嘉庆帝在热河围猎未归，皇子旻宁（后来的道光帝）在宫内，以鸟枪射击起义军。镇国公奕灏则急调火器营兵千余人入宫，镇压起义军。起义军因寡不敌众而失败，林清在黄村被捕牺牲。现在故宫隆宗门的匾额上，还保存着一支当年农民军射入的箭头。李文成在滑县起初声势很大，后为清军击败，退至辉县山中，自焚而死。
上述农民起义虽都失败了，但给予清朝统治者的打击是沉重的。尤其是林清攻打清宫的行动，使清廷大为震惊。