但懋辛（1886—1965），字怒刚，民国陆军上将。参加过黄花岗起义，四川九人团中仅次于熊克武的第二号人物，经常作为熊克武的替身周旋于各路军阀之间，朝秦暮楚，纵横捭阖，却也风云一时，任蜀军政府参谋长、四川军政府成都府知事兼四川团务督办、四川靖国军第一军军长，代省长，川军第一军军长，后来九人团在四川兵败，拖队伍到广东的时候，因为他和陈炯明的关系，被扣上阴谋叛乱的名义，失去大义名分，导致集团解体。
但懋辛，1886年1月25日生于四川荣县方家冲一个殷实人家。父亲以医道济世，悯贫怜苦、施药治病，很受乡里尊重。但懋辛幼时聪明好学，在私塾里熟读《四书》、《五经》，涉猎经史。他初通人事，正值19世纪末。满清王朝的腐败统治，西方列强对中国的瓜分，使中华民族陷入内忧外患，危机四伏的境地。但懋辛12岁时去井研县私塾就读，与熊克武同窗，授业于吴蜀筹。吴先生是一位有强烈的正义感和爱国心的人，他在但懋辛、熊克武幼小的心灵里播下了民族自强的种子。危机的意识，救国的责任感伴随着但懋辛、熊克武的成长，使他们少年时就立志学习军事，以拯救中华民族为己任。1904年，18岁的但懋辛与熊克武一起考取了成都东文学堂（即留日预备学堂）。这里人才荟萃，聚集了刘光烈、戴季陶等一批爱国青年。同学们相互传递着邹容的《革命军》，传播着新思想。12月，但懋辛与熊克武从上海乘日本邮船公司的“大疑丸”号到达日本横滨，再乘火车到达东京。他们先在东京大成中学补习日语，后入东斌学堂学习军事。当时清政府禁止自费留学生学习军事，这是一所私立振武学校，是日本士寺尾亨博士为支持中国革命自筹资金创办的。在这里有浓浓的爱国氛围，同学们意气相投，谈论的是革命，传阅的是孙中山的《伦敦避难记》、《汉声》、《苏报》等进步书报。
1905年7月25日补习班的翻译程家柽下课时在黑板上写下：“孙逸仙先生到了东京。”一直仰慕孙中山的但懋辛听说后和熊克武一起急忙去找程家柽，想进一步打听消息。令他们喜出望外的是孙中山正好就在程家柽家。孙中山热情地与两个年轻人交谈，希望他们尽快投身革命。孙中山说：“当前国弱势危，实非军事不如列强，根子在于清廷腐败。如果学成报国，不仅报国无门，恐怕也来不及了！”但懋辛、熊克武性急地问：具体该怎么做？孙中山说：“必须驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权。”两位年轻人与孙中山的一席谈后，顿觉豁然开朗，决心立即投身革命。
刺客生涯
1905年8月19日，但懋辛由黄兴介绍，孙中山主盟，宣誓加入同盟会。20日，在同盟会成立大会上他被选为评议会评议员，成为同盟会最早的骨干。由于四川加入同盟会的人较多，大会决定成立四川分会，但懋辛负责宣传联络工作。同盟会成立后，满清政府鉴于革命活动中心在日本，会员又都是日本留学生，强烈要求日本政府对中国留学生严加监管。经交涉，日本政府于11月2日发布了《清朝留学生取缔规则》。12月6日，为 日本政府限制中国留学生的自由，在东京各校的中国留学生举行-。作为同盟会的骨干，但懋辛佩戴纠察员的袖标维持--学生队伍的秩序。8日，因《日朝新闻》诬蔑中国人放纵卑劣，留学生陈天华愤而投海 。同伴的牺牲激起了中国留学生更强烈的愤慨，为 日本政府对中国学生的破孩，中国留学生决定集体回国。同盟会组织留学生有序返程，但懋辛恪尽同盟会骨干的职责，送走了一批又一批留学生。12月下旬，在码头为熊克武、秋瑾等人送行时，但懋辛紧握熊克武双手发誓：“一定要以我们自己的力量来创办新式学校启迪国人的民族意识，向国民传授新知。”
不久，但懋辛回到上海，向熊克武传达同盟会总部的要求：以办学为掩护，在上海建立一个联络站，负责日本、上海和内地同志的联络接头工作。1906年2月，在熊克武、但懋辛和同盟会员的共同努力下，“中国公学”开学了。同盟会在上海的联络机关在这里设立，一些回国后失业的留学生在这里得到安置。6月，同盟会给但懋辛和熊克武一个特殊的任务，到上海西牢迎接因苏报案而坐牢的章太炎出狱。章太炎先生乍见两个素不相识的年轻人来接他有些疑惑，当得知是同盟会孙中山派来的人，立即笑逐颜开。但懋辛问章太炎出狱后的打算，太炎先生表示：“孙中山在哪里自己就去哪里”。但懋辛派两个同志把章太炎安全地送往日本，与孙中山相聚。清政府对孙中山非常嫉恨。为了保护孙中山先生的人身安全，同盟会员们时刻注意对孙中山先生的保卫工作。不久，孙中山化名高野，乘法国邮船经上海去新加坡，但懋辛和熊克武布置了严密的保卫措施，并登船向孙中山先生汇报了国内同盟会活动的情况。以后根据工作需要，熊克武奉命回四川开展武装斗争，但懋辛留在上海继续联络站的工作。
熊克武回到四川后建立了同盟会泸州分部，组织了泸州、成都、叙府起义。虽然屡起屡败，但百折不挠。在上海的但懋辛关注着四川，关心着战友，竭尽全力支持家乡的起义。1908年5月，同盟会从日本东京为四川革命党人购买了0弹药，因清政府对革命党人搜查很严，但懋辛为运送武器做了细致周密的安排。这批武器成功地运到四川革命党人手中，为广安起义奠定了基础。
9月，但懋辛接受同盟会的命令与吴玉章联系，购买军火、组织暗杀团，准备炸死江苏总督端方。但懋辛、黄复生、喻培伦等人从日本赴汉口，侦察端方的行踪。在湖北的革命党人孙武的帮助下，但懋辛和战友们对暗杀的每一细节都做了周密的安排。然而端方十分警觉，改变了自己的行动路线，佯装要经汉口赴京，可到镇江后转回上海。他们追踪端方到上海，而端方又改乘轮船北上。但懋辛等人锲而不舍又追到北京。因北京是清政府所在地，他们决定刺杀对象改为满清朝廷的重要大臣。为做掩护，他们在琉璃厂开了一家“守真照相馆”，由但懋辛在外主持馆务，喻培伦在内制造 。12月，汪精卫也到了北京，几个人一起再次研究。他们计划炸奕匡、载洵、载涛，然而都没有成功，后来他们又把目标转向载沣。1909年2月21日革命党人在什刹海旁的甘水桥下埋0，不料被一个乘车人发现报警。汪精卫、黄复生被捕，但懋辛幸免于难，离开北京回上海。
5月，但懋辛、熊克武、吴玉章、井勿幕等人在香港学习制造 ，准备再次发动暗杀。一天但懋辛、喻培伦与黄兴、胡汉民到怡园喝茶，黄兴提出：暗杀清王朝大臣不能解决问题，孙中山也不赞成这样的做法，应另想办法。大家一起总结了历次斗争失败的原因，但懋辛提出，过去力量用的太分散，四川、两湖、江浙、两广、北京，一次次的行动，一次次的失败，不如集中力量在广州来一次大举。大家都同意但懋辛的意见，决定由黄兴、胡汉民找孙中山向华侨筹款，购买弹药，但懋辛和喻培伦回上海做准备。
起义被捕
1911年1月但懋辛、熊克武、喻培伦等人再到香港，进行了分工后，各自开始紧张地筹备起义。2月初，但懋辛、熊克武、喻培伦到广州勘察了地形，2月中旬但懋辛又携带10万元，到日本交吴玉章购买 弹。革命党人将军火前后分六批运送回国，但懋辛押送的是第五批，于3月28日到达广州。当天黄兴与大家议定，29日下午5点30分发动起义。按计划，黄兴带队攻打总督府正门，但懋辛、喻培伦等16人组成小分队由熊克武带领，袭击总督府后门，准备活捉两广总督张凤岐。
第二天下午，小分队准时到达预定地点。喻培伦用 打开了簸箕大的一个洞，但懋辛冒着浓烈的硝烟率先冲进督府院。不幸的是，他手臂中了一 ，鲜血直流。他和战友们奋不顾身地从后花厅打到二堂，与黄兴的队伍会合，才知道张鸣岐闻风声跑了。小分队与清军水师在莲塘街北口展开了激战。喻培伦见但懋辛左臂血流过多，撕开衣襟为但懋辛包伤口。由于流血太多，但懋辛口渴难当。喻培伦敲开街旁一家店铺的门要水，店主人一面热情地为他们端来水，一面热情地赞扬他们为民族战斗的奋勇精神。战斗打得非常艰苦，一直持续到天黑。小分队被敌人分割包围，熊克武扶着但懋辛向城北门撤退想突围，然而几经努力还是失败了。天下着蒙蒙细雨，突围似乎已完全无望。但懋辛提议：出不去，也绝不能让清兵抓去，宁为玉碎，不为瓦全，不如 取义成仁。熊克武同意但懋辛的意见，两人走到池塘纵身跳下。谁知塘里的水很浅，根本就淹不死人。而两人被冷水一激倒清醒了：应当想方设法地活下去，继续斗争！他们挣扎着爬出水塘，走进平民的住宅区。在恐怖的氛围中，老百姓怕事不敢接纳革命党人。无奈之下，他们躲进了一个公厕。但懋辛对熊克武说：“我两人一起出去，两人都有危险，我是光头，又负了伤，行动不便，你把辫子和扎起的衣服放下来，把有血的袜子脱了不要，去东一区去找巡官李天均（革命党人），他会想办法让你回到香港。你告诉李天均带一套衣服，假装搜查革命党到厕所来，以便我化装逃走，并以拍手为号，我一定在厕所躲着不走。”熊克武觉得这是唯一可行的办法，就答应了。然而李天均胆小怕事，送走了熊克武，却丢下但懋辛不管。
受了伤的但懋辛在厕所等了一天又一天，幸好群众同情革命党人，清洁工主动给他送来食物。在群众的帮助下，他躲了几天。抓捕革命党人的风声过去后，他戴上斗笠做了一番改装，冒雨到东一区找李天均。不料在 所的门口，但懋辛的斗笠被疑心的 掀开，革命党人的短发被发现，他被捕了。
巡警道台王秉恩是四川成都人，圆滑世故，老于官场。由于但懋辛的案子牵涉到他的部署李天均和皱有章，他怕负有用人不当之责而连带丢官。于是为了敷衍上司，故意上报说但懋辛是自首，为他开脱。把他交回原籍，严加看管。
讨袁兵败
几个月后，武昌起义一声 响，清王朝就土崩瓦解了。当但懋辛从广东被押回四川时，重庆已经独立，他因此获得了自由。可是同盟会的同志们却以为他真的自首了，瞧不起他，让他在新政府的招待所里当一名招待。同盟会的机关报《民立报》还发表文章骂他。付出了鲜血，经历了生死劫难，但懋辛面对的却是自己同志的误解和蔑视。他并不怨天尤人，他以非凡的气度，认真周到地接待外省来川的同志。政权初建，政务需要人，与清军作战也需要人。在讨论参谋长人选时，有人提出应让但懋辛来担任。谢持说：“早就想过，可是他（但懋辛）在黄花岗之役贪生怕死，丧失了革命党人应有的气节。”新任财政部部长的李湛阳听后，立即站起来说：“我很奇怪为什么你们不用但懋辛，原来如此！当广州起义时，我在督练公所任职。但懋辛的供词经制台张鸣岐批令不杀后，我问巡警道王秉恩原因。王说，他见但懋辛写的自供状，措辞巧妙，避重就轻大为诧异。短短时间就写七八百字，叙事清楚。因而大加赞赏，加他一个自首，为他开脱。并告李军门善为转说制台，此人不要杀。隔两天，张鸣岐电话告诉王秉恩说，但被押到后，在几位会审官面前毫无惧色，态度坦然。我后来又特地同他详谈，发现他有胆有识。”一番话解除了大家的误会，但懋辛被推选为蜀军政府参谋长。1912年4月，成渝两地军政府合并，以成都为四川政治中枢，设都督府。尹昌衡为都督、张培爵为副都督，但懋辛为成都府知府兼四川团务督办。但懋辛到任后，在府内设置单杠、木马、吊环等体育设施，公务之余，在器械上翻飞腾跃，前仰后俯，潇洒自如，犹以翻“大车轮”为甚，观众眼花缭乱，私下议论，历来知府，无不管带整齐，谈吐风雅，启如但知府，虎虎生风如顽童耶。
南京成立革命政府，孙中山任临时大总统，民国正式成立。然而许多人都想乘机分享胜利果实。从南方到北方军阀纷纷拥兵自重，各种势力相互争斗，局势错综复杂。在四川富顺结集着一万多人的队伍，对于社会的安定，新政权的治理十分不利。蜀军政府派但懋辛去编遣。但懋辛根据这支军队农民甚多的情况，努力说服一些人，要他们以国家为重，解甲归田。
地方与中央（孙中山领导的南京临时政府）也是矛盾重重。熊克武奉孙中山命率部回四川，将到万县时，该县守备问四川都督尹昌衡是迎还是打，尹回电：“打”！但懋辛对于革命党人的自相残杀忧心忡忡。他听到消息后一面送信给熊克武：“目前川局复杂，川督尹昌衡手下的军团长胡景伊，即将出任重庆镇抚府总长，此人狡猾奸诈，已秘密唆使刘汉卿袭击蜀军。前途暗礁甚多，望兄行事小心。”一面去找张培爵副都督，希望能劝阻革命队伍的自相残杀。然而仗还是打起来了。熊克武出奇制胜，干净利落地全歼了刘汉卿的巡防军。
在帝国主义的支持下，袁世凯依仗自己掌握的军队就任大总统后，他开始对革命党人进行残酷的破孩和-，解除了江西、安徽、广东三省的国民党都督、李烈钧、柏文蔚、胡汉民的职务，7月四川都督尹昌衡出兵川边，袁世凯乘机委派自己的亲信胡景伊代理总督。四川的革命党人对此强烈不满，但懋辛为此辞去成都知府职务，到重庆任熊克武第5师参谋长。
孙中山号召各省革命党人武装反袁。熊克武召集同盟会负责人和第5师团级以上长官开联席会议，决定通电全国宣布独立。会上大家一致选举熊克武为四川讨袁总司令，杨遮堪为民政厅长，刘植藩为总参谋长，但懋辛为副总参谋长。8月4日，熊克武正式就职，发表了《誓师文》和《告四川军界同胞文》。四川讨袁的战斗节节胜利，可黄兴、李烈钧讨袁失败的坏消息却不断传来。由于川督胡景伊向袁世凯急电求救。袁世凯派滇、黔、陕、甘、鄂五省军队会剿熊克武的四川讨袁军。重庆大本营被敌人重重围困，为使重庆百姓免遭战火，熊克武的讨袁军退出重庆，第5师解散。此时，四川的革命党人对熊克武有意见。海外革命党人不同意孙中山组织中华革命党“服从总理一人”的效忠宣誓。革命党人四分五裂，人心涣散。
1914年8月，但懋辛、李根源、陈炯明、李烈钧、熊克武、程潜等一百多人在东京组织欧事研究会，研究一战以来的国内外局势，拒绝反袁。1915年，日本向袁世凯提出霸占中国的二十一条。中日交涉期间，欧事研究会提出联袁对外，号召全国人民团结起来，支持政府对日交涉，而孙中山当时坚持联日倒袁的方针，双方形成对立。适时，黄兴也同意欧事研究会的主张，但不赞成革命党内部的0。
护国复出
1915年袁世凯下令取消国会，废除临时约法，准备恢复帝制。2月，四川的革命党人在上海开会，但懋辛在会上提出：目前除袁世凯把我们视为眼中钉外，满清的帝制余孽，立宪派和其他一些党派，都是反对我们的。在这样严重的情况下，我认为孙中山和黄兴两位先生首先要团结起来，在四川锦帆兄（熊克武）和沧白兄要捐弃前嫌，精诚合作，断不可0。袁世凯迟早要当皇帝，他只要一跨上皇帝的宝座，就必然要遭到大多数国人的反对。为了培植和加强我们的力量，我们应在边远地区发动，因为边远地区消息不灵通，交通不方便，不容易被敌人察觉，等到敌人知道了，我们已经拥有了相当的力量，到那时就不易扑灭了。目前最好的去处是云南。9月初，熊克武从海外回上海就邀但懋辛去南洋，为倒袁做准备。就在准备动身的时候，但懋辛得到消息：袁世凯急于称帝，已令各省于年底以前召集代表会议，以投票的方式强迫赞成君主立宪。他们感到时间紧迫，来不及再去南洋了，就写信给李烈钧商讨从云南起兵之事。以后，熊克武与李烈钧去昆明会合，但懋辛留在上海组织一部分同志由长江潜回四川，策动军队响应云南的起义。
12月12日，蔡锷摆脱袁世凯的监视，潜回云南。但懋辛也到了云南，参加了由唐继尧和蔡锷主持的起兵讨袁军官联席会议。23日，但懋辛、熊克武等人随护国军第一支队邓泰中部出发。部队向叙府挺进时，一些地方团队和旧部纷纷前来请熊克武收编。川军再次组建起来，熊克武成为护国军四川招讨军总司令，但懋辛依旧担任参谋长。1916年2月底，袁军分三路向驻守在叙府一带的讨袁军发动大规模的围剿，上游的牛屎垓是朱敦武统领的数营巡防军；下游的白塔山是北军的冯玉祥混成旅；正面是川军钟志鸿旅。招讨军在滇军的支援下首先击溃朱敦武的巡防营，然后与正面钟志鸿旅进行交锋，激战终日直到深夜。就在前线招讨军难以支持的时候，但懋辛向熊克武建议：眼下如撤退，敌人必然会追击，势必造成我军溃散，损失太大，此时邓泰中正在酒醉酣睡，不如我代邓拟一报告，请梯团长令杨蓁立即前来增援。由于但懋辛的机智果断，拂晓前杨蓁的援兵到了。熊克武令全线反击，由于出敌不意，不到20分钟，敌军全线溃退。
3月初，泸州方面失利，蔡锷亲自到大洲驿督战，在棉花坡一带与敌人对峙。蔡锷令驻军叙府的刘云峰派两营增援，刘感到自己兵力薄弱抽调困难，就请但懋辛帮他出主意。但说：“泸州方面比叙府更重要，建议留一个营在叙府与敌相持，不得已时退守横江，其余部队都增援泸州。”由于援军及时，蔡锷组织了全线大-，泸州获得胜利。南方各省护国运动的兴起，全国舆论的指责，使袁世凯被迫于3月22日宣布：取消帝制。川督陈宦见大势已去，与蔡锷达成停战协定，并宣布-。5月初，但懋辛奉熊克武的命到大洲驿向蔡锷汇报部队退出叙府的详细情况。蔡锷此时已经患喉结核失音，仍热情地接待他，询问四川招讨军的编制情况。
6月6日袁世凯去世，7月6日北京政府任命蔡锷为四川督军兼省长。此时驻军简阳的熊克武，召集干部开会，商讨今后如何自处。但懋辛首先发言说：“由于护国战争期间，发现种种矛盾现象，来日困难甚多，应该战战栗栗，随客观变化，采取办法以求适应。而在目前，则应采取谦逊态度，自请解散部队，卸解军职，较为适宜。我们癸丑讨袁之失败，已吃过无计划，无统一布置，无统一领导指挥的亏。这次的情况比癸丑之役还要糟，进步党着了先鞭，成了西南讨袁的主体，梁启超成了指导西南的首脑人物。国民党则因改组中华革命党引起0，显得十分涣散。国民党落后局面已成，要想补救困难不小。目前无论川军客军，他们的政治趋向各有不同，谁与我们是合作的朋友，殊难判明。与其在夹缝中讨生活，不免于受宰割，不如先行辞职，解散部队，善刀而藏。况且我们做到了战争相始终，酬答了我们倒袁的素心，重走共和，正是国民党人的义务，不是言功。”大家都认为他的意见中肯。7月21日，蔡锷到成都就职，路过简阳时，熊克武、但懋辛率部出城欢迎，汇报了招讨军的情况，面交了辞呈和部队编制表册。蔡锷当即表示：现在万不能说告退，从四川的局势来看，今后仰仗你们的事甚多。由于相互坦诚对待，熊克武就不再推辞，与但懋辛一起去成都。
蔡锷推心置腹地与熊克武、但懋辛研究四川事务。蔡说：“中央方面原要我进京入阁视事，后又要我把川事整理就绪才去。以后我到省城清查档案，感觉四川关系西南太大，而今后全国的问题正多，不知如何变化，不如将西南整理好了，可以转移全国的局势。”“锦帆兄，重庆这个烂摊子非你收拾不可。”出以公心，社稷为重，革命党人当然义不容辞，熊克武接受蔡锷的意见，就任重庆镇守使兼第5军军长。但懋辛任第9旅旅长。
叛孙自立
护国战争虽然成功，但民国内乱不已，四川内乱不已。段祺瑞废弃临时约法、解散国会。而四川境内的各党、各派、滇系、黔系、川系军阀争斗不止。孙中山在广州召开非常国会，开展 运动。9月10日，孙中山就任大元帅。熊克武在但懋辛的支持下响应 。1918年1月9日，熊克武就任唐继尧委任的四川靖国各军总司令，在重庆与滇、黔军联合召开军事会议，讨伐北京政府任命的四川督军刘存厚。会议决定分三路进攻成都，出师平定川西。东路由滇军顾品珍、赵又新两部负责；中路由黔军袁祖铭、王天培两部负责，北路由但懋辛率吕超、喻培棣从川北直逼成都。刘存厚率部仓皇出逃。2月24日，熊克武电令但懋辛代理省长。3月8日孙中山大元帅命熊克武为四川督军。4月7日，但懋辛任四川靖国军第一军司令。他命令吕超、喻培棣继续追击刘存厚，一直把穷寇赶到陕西汉中。
四川与各派势力矛盾重重，一方面，唐继尧早有称霸大西南的野心，护国战争时，他任护国军第三路总司令，以都督名义坐镇昆明，战争中滇军借驱逐刘存厚，占据川东及川南，独占盐税，把川人视为被征服者。战争结束后，唐继尧对蔡锷“不继续向川派兵”的电报置之不理，不肯将滇军调回云南，反而向四川增调部队，目的是把四川纳入他大西南的范围。四川百姓不堪欺凌，在省议会上各界人士纷纷要求熊克武驱逐滇军。另一方面，北洋政府为了诋毁广州政府的政治作为，借川东生产 大做文章。1919年4月27日，北洋政府任命的长江上游总司令吴光新发出感电，把川东一带种 ，征烟捐的情况通告全国，感电还尖锐地提问：“川东官吏军队破坏烟禁，究受何人之旨，抽收烟捐，以养何等之兵？”一时舆论大哗，对广州政府多有指责。孙中山令熊克武查办。熊任命但懋辛为查烟督办，赴川东禁烟。然而禁烟触犯唐继尧的利益，为阻挠禁烟，他以势压人令驻万县的滇军旅长田钟谷会同复查。由于滇军的干涉，追查无法进行，但懋辛被迫辞职返回成都。
根据熊克武的布置，但在返回成都的途中，前往泸州会晤滇军第二军赵又新，在简阳会晤滇军第一军军长顾品珍，赵又新是唐继尧的心腹，访赵不过是敷衍，会顾才是重要的一着。顾与唐继尧矛盾，早有会师云南，取唐而代之的野心。因此在四川倾向联熊。顾品珍雄踞简阳，资阳，靠近成都。如熊与顾合作，打开东面门户，则可进退自如，战争的主动权则操之于熊手。但和顾谈和极为投机，还结为兄弟。
由于熊克武在整编川军的过程中，对支持孙中山一系的石青阳、黄复生、颜德基等民军的限制，对孙中山任命的省长杨庶堪也处处限制，1919年夏，孙中山以大元帅的命令下令联合滇黔军打倒熊克武。当时熊克武第一军的三个师中，第五师吕超决议倒熊，第三师向传义首鼠两端，第一师但懋辛师也只能控制两个团，只好以退为进，宣布下野，但懋辛和吕超虚与委蛇，假意推吕超为川军总司令，等到熊克武一切准备就绪，就在但懋辛支持下复职，立即遭到唐继尧下令讨伐，黔军参谋长朱绍良公开宣称。川军的事如果川军不能自己解决，滇黔军决不能坐视不理。但懋辛部立即向驻简阳的滇军发生进攻，由于与顾品珍有了默契，顾品珍稍打即退，先后让出了简阳。资中、资阳、内江，把部队撤到川边的泸州，准备回师讨唐，
然而由于唐继尧善于运用分化瓦解之术，南路刘成勋追击到自流井后不战退回新津，东路刘湘被黔军赶出重庆，北路吕超看到熊克武各部失利，立即宣布加入倒熊阵营。但懋辛部孤军突出，军心涣散，作战接连失利。
1920年，唐继尧联合四川国民党人黄复生、卢师谛、吕超等人发起了对熊克武的进攻。唐继尧命驻川南的滇军赵又新帮助吕超攻打成都，命令顾品珍停止后退，转身攻打内江，石青阳与黔军会攻岳池、合川。7月，熊克武、但懋辛以成都四面受敌，退入阆中。在阆中熊克武整编部队，组成靖国军，自己为督军，下编3个军1个师，但懋辛为1军军长，下辖喻培棣的第1师、张冲的第2混成旅、何光烈的第5师、余际唐的全川江防总队。刘湘为第2军军长，刘成勋为第3军军长。又和北洋政府的督军刘存厚联合在一起，8月，熊克武发动了驱滇黔之战：任命刘湘为前敌总指挥，兵分两路，但懋辛率一路由绵阳、罗江、广汉攻成都；第二路由三台经中江、金堂与一军会合。9月8日至21日，两军在龙泉驿交战十几日，滇军大败，赵又新在泸州阵亡，顾品珍不听唐继尧的调遣径自回云南。9月19日，刘湘攻下成都，10月15日，但懋辛再次占领重庆。熊克武10月30日到重庆后与但懋辛、刘湘、赖心辉等人商量四川善后办法。
内战败落
1920年，全国各省主张自治和废除督军的呼声很高。在北京有15个省区的人分别组成了“自治运动会”，还推举代表成立了15省的“各省自治联合会”。11月3日，四川在北京的议员、学生在中山公园召开了“四川自治期成会”成立大会，通过了由周昌鸿、罗承烈等134人提出的《四川自治意见书》，提出了四川自治的具体方案。此时，吴玉章、李伯申等也发动各县代表组织全川自治联合会。12月10日川军将士联名电熊克武，主张四川自治、自主。在但懋辛的支持下，12月30日，熊克武正式通电解除督军职务，宣布四川自治。但懋辛、刘湘分别代表1、2军通电表示支持。但还草拟了“告全军将士书”：“为今之计，只有两途，不愿自治，便降曹吴，二者择一，为主为奴，严颜有言，降将蜀无，共体斯意，其各勉乎！”然而，北洋政府就在这时任命刘存厚为四川督军，熊克武为省长，刘湘为重庆镇守使。主张自治的熊克武立即通电拒绝任职，但懋辛支持熊的决定，与第2军刘湘、第3军军长刘成勋一起发出通电，响应熊克武的决定，拒不接受北洋政府的任命。
在成都，市民、学生要求川省自治，刘存厚派兵镇压，一时舆论大哗，民情沸腾。1921年2月，熊克武与但懋辛、刘湘一起研究局势，认为一心想做督军的刘存厚已成为联省自治的障碍，为防养虎遗患，应驱逐刘存厚。2月18日，熊克武、但懋辛、刘湘联衔通电，宣布刘存厚的罪状，然后，兵分三路讨伐刘存厚。刘军节节败退，3月中旬退至陕西宁羌。从此，接受北洋政府任命的刘存厚做了“-督军”。战争结束后，熊克武通电隐退，刘湘任四川总司令兼省长。
刘湘主政四川后，为缓和两军矛盾，约定一起援鄂，但被吴佩孚打败，刘湘再命第一军的张冲混成旅援陕，遭到但懋辛拒绝。1922年刘湘邀但懋辛到重庆，提出军事复原，要1、2军裁员。但懋辛与刘湘达成了协议：第1军裁编杨春芳旅，第2军裁汤子模旅。然而，就在但懋辛裁兵之际接到了密报：刘湘的目的是借改编为名，诱第1师到忠县，全部消灭一军。风云突变，但懋辛将情况电告熊克武，熊回电要但命令各部队，“迅速做好战斗准备，但要沉静以待，按兵不动，让刘湘开第一 ，以争取主动，必要时，可以通电，揭露刘的阴谋。”但懋辛将刘湘的阴谋向各友军揭露，并质问刘湘。一时间，川中各军对刘湘大为不满。刘只得通电辞职。
第2军代军长杨森乘机游说但懋辛合作，分掌军民两政，要但选择其一。但懋辛拒绝后，杨森转而与刘湘合作，在长江两岸集中兵力攻击但懋辛的第1军。两军开战后，刘成勋以川军总司令名义通电，讨伐杨森。邓锡侯为北路司令，赖心辉为东路司令，川北边防军张英第1旅东下援助第1军。赖心辉连续突破杨森防线，讨杨之战获得大胜，杨森只身从奉节逃往宜昌。
10月26日，在成都召开善后会议解决四川军政民政两大问题。当时有人建议，但懋辛任川军总司令，刘成勋为省长。但是，赖心辉却对熊克武说，刘成勋在川军中深孚众望，为统一川政，拟刘成勋任总司令，一身兼军民两政。经熊克武建议，会议决议：一、四川采取联省自治态度，促成国宪之合作统一；二、推刘成勋为川军总司令，在省宪法未制之前，权摄民、政；三、废除军长制，分期裁兵；四、破除防区，统一财政。
然而废除军长制又触犯了一些人的利益，邓锡侯、陈国栋对此不满，引起川军再次内讧。1923年2月邓锡侯、陈国栋与第一军在江津、永川、铜梁、大足荣县、内江、资中展开了拉锯战。吴佩孚支持的杨森部乘机占领重庆。
在四面受敌之时，但懋辛建议熊克武到广州求的孙中山的谅解，重新获得政治上的名义。不久，吕超、石青阳回川帮助熊克武，6月4日，孙中山任熊克武为四川讨贼军总司令，赖心辉为前敌总指挥。滇军胡若愚12个团重新入川帮助熊克武。但懋辛率1、6两师及2、8混成旅，在上川东与吴佩孚策动的刘湘、杨森、潘文华、唐式遵及贵州军阀袁祖铭等北洋军苦战20多天。占领了重庆后，但由于担心赖心辉功高难制，由但懋辛接替赖心辉担任前敌总指挥，临阵换帅，导致各军不能齐心合力，重庆得而复失，军队一度瓦解。
连陈招祸
四川讨贼之战失败后，但懋辛受熊克武派遣，偕湖北讨贼总司令孔庚、石青阳到贵阳与刘显世协商，达成三省合作的议向。然后征得云南唐继尧同意，但懋辛拟好“建国联军协议”草案。三省代表签字后，协议正式生效。唐继尧为总司令，刘显之为副司令，熊克武为前敌各军总司令兼建国联军川军总司令，驻军湖南常德。
一切商妥后，但懋辛与石青阳、孔庚三人携协议前往广东向孙中山汇报。孙中山对他们的作为非常赞赏，特地在元帅府设宴欢迎他。孙中山重视但懋辛的人格和才干，任命他为大元帅府大本营政治顾问兼国民参政员。为了北伐顺利进行，还特地委派但懋辛到东江去说服陈炯明、林虎与广东革命政府保持一致。辛亥革命时期，但懋辛与陈炯明一起筹办广州起义建立了很好的友谊。孙中山对但懋辛说：“只要陈炯明写一个-，（对陈反对他的事）就不加追究。”但懋辛到东江后，对陈炯明晓之以理、动之以情做了许多工作，可陈炯明推说，要林虎和洪兆麟同意才能答复。但懋辛不拒繁难，又去会林虎。林虎表示，决不乘孙中山北伐之机打广东。但懋辛终于0完成了任务，回韶关向孙中山做了汇报。11月2日，孙中山应冯玉祥、段祺瑞的邀请北上，“共筹统一建国之方略”，但懋辛随同前往。到北京后，孙中山本主张召开国民会议，可是因过于操劳一病不起，不得已他派汪精卫同张作霖、段祺瑞商量同意召开善后会议。但懋辛作为建国军四川代表参加了善后会议。南方代表提出，应邀职业团体参加，段祺瑞坚决反对。为揭露段祺瑞所把持会议，欺骗舆论的阴谋，但懋辛根据孙中山指示的退出善后会议。
胡景翼是熊克武、但懋辛的老朋友，得知熊克武准备出师北伐攻取武汉，十分赞同。在胡的邀请下，但懋辛从北京赶到河南开封，双方进行了深入的研究探讨。决定，两军加强团结，全力整训部队，等待时机，安定大局。为了团结更多的人一同北伐，但懋辛受胡景翼的委托与张冲到洛阳联络阚玉昆。在但懋辛的介绍下胡景翼与阚玉昆结拜为把兄弟。
湖南军阀赵恒惕对熊克武的驻军在湘十分嫉恨，因胡景翼警告赵恒惕不得阻挠西南联军北伐，才不敢妄为。为消除误会，1925年2月熊克武邀赵恒惕面谈，然而不欢而散。3月12日孙中山在北京逝世。20日但懋辛赴河南又遇胡景翼暴病身亡，北伐的计划落空。为避免冲突，6月熊克武率部到广东驻防连山、连南、阳山一带。汪精卫、谭延闿、蒋介石为夺熊克武的几万部队，捏造熊派但懋辛与陈炯明勾结的罪名，于8月16日把熊克武扣押在虎门，并下令通缉但懋辛。四川建国联军被瓦解了。
但懋辛在北京得知此事痛心疾首，立即写信给汪精卫，对强加给熊克武的种种罪行一一做了澄清，最后他悲愤地写道：“国难方殷，同志凋残，追念前尘，惟有悲痛。”然而信如泥牛入海没有消息。他又辗转上海、香港，联络各方人士营救熊克武。可是，直到1927年熊克武的妻子发现孙中山去北京前用英文写给熊的亲笔信，托张-到南京政府，蒋介石才不得不放人。但懋辛在香港车站迎接熊克武，两人见面百感交集。
下野以后
1929年，但懋辛和熊克武在上海再次办起了中国公学。他们要培育青年，主要是川籍家境贫寒的学生。1931年，蒋介石又拘押了胡汉民。但懋辛、熊克武积极营救胡汉民，但是没有成功。
1937年抗日战争爆发后，杨森率二十军参加淞沪抗战，但懋辛、熊克武亲赴战地慰问将士。沪战失败后，但懋辛转到南京，被任命为军事参议院上将参议。他积极动员和团结四川各方面的力量支持抗战。1938年5月，他回到家乡定居成都，兼任川康绥靖公署高等顾问。1941年他以社会贤达被选为国民参政会参政员兼川东办事处主任。1943年他被选为第三届国民参政会参政员，开会时蒋介石请但懋辛吃饭，并在饭后进行了谈话。蒋介石问：“你对国内外的战争形势怎么看？谁胜谁败？胜了我国如何善后？”但懋辛坦率地回答：“毫无疑问，德、意、日必败，至于善后的问题，首先是国际上求得真友，当初我们结交苏联，帝国主义国家都不喜欢，日本人尤甚，所以提前来侵占中国。欧洲战场开始后，同盟国、轴心国分成了两大阵营，美、英、法与苏联极端相反，而今同苏联在一条战线上成了战友。那么日本既然已经失败了，我们从此与苏联和好，又有何不可呢？这样做，英、美、法打不出喷嚏来。我们把外援结好了，国内的善后就好办了，那就是对共产党的八路军要用政治方式解决。经过长期抗战之后，要顾国家人民，不宜再打内战。”但懋辛说完后起身请辞，然而蒋介石不放他走，一再请他畅谈利害。蒋介石的诚心求教，使他以为蒋会以国家民族为重。然而，抗战胜利后，蒋介石撕毁政协协议打内战，中国又重蹈战火。
1946年7月31日国民革命政府授任周濂、李济深、但懋辛、李杜、张钫、石敬亭、郭汝栋、金汉鼎等八人为国民革命军上将（均为非现役将领，并予退为备役）。1947年他被选为任四川第二行政区国大代表，1948年当选为-。他反对蒋介石的-统治，积极开展民主活动。他参加金绍先等人在-组织的以反对-为目的的“二·五座谈会”，共商国是。在北平和谈期间，座谈会由他领衔发表了《拥护和谈的宣言》。成都解放前夕，他运用自己在四川的声望和影响，协助共产党地下组织在国民党军政界联络策反，使刘文辉、邓锡侯、潘文华、鲁崇义等人起义，对成都的解放做出了贡献。
1949年10月18日政务院第六次会议提议，12月2日，中央人民政府第四次会议批准，但懋辛任西南军政委员会委员兼-部长。1950年1月，贺龙将军受毛主席、朱德总司令的委托，亲自看望但懋辛，请他对四川的工作提意见。
在他担任-部长的几年中，正逢土地改革、镇压-、和抗美援朝三大运动。在土改和镇反运动中，但懋辛发表了《怎样贯彻“镇压与宽大相结合”》的论文，新华日报连载三天，起到了指导西南运动的作用。在西南-他，总是与黄远新副部长共同协商-的工作，合作密切。他常说：“我们是非党干部，又是民主党派成员，接受党的领导要真，尊重党的干部要诚。只有这样才能团结一致把工作搞得更好。”
1950年7月，但懋辛到北京开会，由李济深、朱蕴山介绍，加入了中国国民党革命委员会，任中央委员。民革川康临时工会成立，但懋辛任副主任委员。在学习《共同纲领》时，他说：“这么多年来，无论从共产党和国民党的政治斗争来看，还是从战场较量来看，都非要共产党来领导中国不可。共产党不领导，哪个党派能担当得起领导？有后言者，简直是妄自尊大，不可取也。”又说：“我们这些人，当时就看到蒋介石这班人腐败，打起拥护孙中山-招牌，实行-的--，是挂羊头卖狗肉，才赞成共产党的主张，站在侧面摇旗呐喊的。仅此而已，现在共产党还对我如此理遇，实在令人感愧交加。”
1953年，毛泽东发表为财政经济好转而斗争的号召，民革川康临时工委在重庆开会，但懋辛在会上作了热情洋溢的发言，他说：“抗美援朝的决策很正确，过去我们中国总是跪在列强脚下求生存，而现在我们敢于和世界上最强大的美帝国主义作斗争，把中华民族的气概提高了，正如毛主席说的中国人民真正站起来了。我国开展以反-、反浪费、反官僚主义为内容的三反运动大得人心，共产党接过了国民党留下的腐败、涣散、落后的一大堆难于理顺的局面，我都认为无法收拾，而共产党却有能力收拾它。像天津刘青山、张子善那样的高级干部都坚决处理，执法甚严，荡涤了旧社会留下的一切污泥浊水，谁还敢再犯错误以身试法？在短短3年时间里，理顺了财政，经济好转，全国人民纳入正常生产轨道，生活有所改善，呈现着生机勃勃，民安国泰的景况。像这样治理国家，相信不用很久我国就会强盛，令人心悦诚服。国家的进步为什么这样快？其原因主要是共产党领导有方又有大批廉洁奉公的干部，所以能够很快改变面貌，使人耳目一新。”
但懋辛对旧社会过来的老同志总是热心地关心帮助他们认识新社会，走向新生活。有些老同事在新政府任职后感到自己有职无权。但懋辛向他们解释说，你们“这是既不懂得共产党工作习惯，又不愿意学习新的工作方法的缘故。我通过学习、思考，不感到有职无权。如我当-部长时，他们研究工作的意见，开会时向我汇报了，我有啥主张、意见就发表出来，就是有职有权，我学了共产党办事光明磊落的工作方法。”
民革烈士、前同济大学校长周均时于全国解放前夕被国民党特务在重庆歌乐山渣滓洞杀害。牺牲前他在监狱托人带话给但懋辛，请但代他照顾自己的家属和子女。新中国成立前，周均时的妻子去了香港，儿子留在大陆。但懋辛不负 的嘱托，设法保荐周均时的儿子进了清华读书，毕业后在国防部门工作。老同盟会员席正铭的女婿因历史问题被判入狱，全家5口人生活陷入绝境，求助于但懋辛，但收留了他们，帮助他们工作和就学。
柳亚子曾经有诗赠但懋辛，说他“四十五年身是史，西蜀全才但怒刚”。但懋辛通易理、诗词，尤其擅长书法。他幼时学唐楷，特别致力于颜体，后来受康有为倡导的求变崇碑思想影响，开始追寻魏晋、秦汉、商，对汉隶和魏碑特别用功，喜欢研读碑帖。认为碑与帖各具美学特色，碑重雄强古朴，帖尚妍润隽雅。他的字深厚功底、技艺高超，兼容各家之长，他的字饱含着他的学识、修养的胸怀，形成自己的风格。无论是戎马倥偬之时，还是政务繁忙之际，他读书、写字的爱好从没有放下。因此，他的书法墨迹在近代中国书坛颇负盛名，北京的香山孙中山衣冠冢、成都的都江堰、望丛祠等，在全国许多名胜古迹都有他的书法碑刻。
1954年中央撤销西南大区，但懋辛到成都任职。先后担任当选为第一、二、三届全国人大代表、省人民代表和省政协第一、二、三届副主席。中国国民党革命委员会中央委员会委员、常委，民革四川省委会主委。1965年11月7日，但懋辛因心力衰竭在四川省人民医院逝世，享年79岁。在追悼会上但懋辛的老朋友熊克武赠挽联：
六十年革命相期，少同学、长同盟、壮同军旅，追念平生风义，契兼师友，竟重泉永隔，痛何可言；七千里停云在望，坐能言，起能行，老能前进，亲见祖国光辉，照遍寰瀛，即黄土长埋，死犹含笑。