马友友，1955年10月7日出生于法国巴黎，他刚开始所学习的乐器是小提琴，后来是中提琴。
1959年，4岁的他开始学钢琴与大提琴，5岁开始在观众面前演出。1962年，7岁的他与家人迁往美国纽约定居。同年结识了大提琴家帕伯洛·卡萨尔斯，并且在伦纳德·伯恩斯坦帮助下，在美国的卡耐基音乐厅与姐姐马友乘参加了参加了为筹建华盛顿文化中心举行的巡回义演音乐会，美国总统肯尼迪夫妇出席晚会，友友姐弟俩被纽约时报高度评价。这场演奏会是由伦纳德·伯恩斯坦所指挥，并且在美国的电视节目上播出。1969年，14岁的他中学毕业，并且以独奏者的身分，与哈佛雷蒂克里夫乐团共同演奏了柴可夫斯基的《洛可可主题变奏曲》。之后马友友进入茱莉亚学院，在大提琴家雷奥纳多·罗斯门下学习。
1971年5月，在纽约卡内基音乐厅举行的大提琴独奏会上，16岁的马友友技惊四座，声名鹊起。
在茱莉亚学院就读了7年之後，虽然成绩名列前茅，但他却在尚未毕业之前便退学，并前往哈佛大学就读。他在这个时候逐渐成名，与许多交响乐团一起演奏。这段期间马友友录制并演奏了巴赫的《大提琴组曲》。同时经常与他在音乐学院时期所结交的好友钢琴家伊曼纽尔·艾克斯，合作演出一些室内乐。他也曾与美国前国务卿康多莉扎·莱丝共同演出二重奏。1976年马友友于美国哈佛大学毕业，并取得人类学学士学位。1991年，哈佛大学授予他荣誉博士学位。
1997年，马友友费时多年完成一项将巴哈无伴奏大提琴组曲结合多种表演艺术的创新诠释。内容不仅包含他本人在世界各地音乐会演出、巴哈无伴奏大提琴组曲重新录音，更重要的是以“巴哈灵感”为题的内涵。演出共分成六部组曲各一的六部影片(六部组曲各一)，和不同领域的艺术家创造出新风貌的巴哈。影片在“公共电视台”及全球各大电视网播出，获多项奖项，其中包括两项艾美奖、加拿大双子星奖16项提名及许多国际影展大奖，由新力古典发行录影带。1998年，新力古典发行了三张《丝绸之路》专辑，其他如“丝路网站”等多媒体呈现方式也会一并推出。同年，他的专辑《马友友的巴赫灵感》问世。1999年的夏天，马友友与名指挥巴伦波因合作，和一群来自中东的年轻音乐家们组成的“中东青年管弦乐团”一起演出研习，活动名为“1999文化之城”，于德国威玛举行。同年，他酝酿了10年之久的《巴西之魂》专辑终于问世，并获得格莱美奖。2000年春季，发行《阿帕拉契圆舞曲》的续篇《阿帕拉契之旅》。尽管马友友横跨多种音乐领域，他仍保持古典音乐最畅销音乐家地位，新专辑一发行便立刻打进“告示牌”古典音乐畅销名盘，并能在前15名维持很长一段时间，甚至有四张专辑同时在榜上的记录。同时，他也发展“家庭音乐会”，如在卡内基厅一系列“家庭音乐会”开幕中演出；在“Mr.Roger'sNei orhood”及“芝麻街”等电视节目中，带领小听众群进入音乐世界。马友友竭尽所能地为儿童塑造一个音乐的空间，以丰富而生动的方式让音乐与创造力成为儿童生活中的一部分。同年，他为电影《卧虎藏龙》演奏主题曲，这首新古典提琴曲获得了奥斯卡最佳音乐奖。2002年，美国时间11日上午，“九一一”-事件一周年纪念活动在纽约世贸中心遗址隆重举行马友友在受邀在纪念活动上演奏。2004年春，马友友再次获得43届格莱美大奖。迫于公众和媒体强大的舆论压力，维也纳国家剧院再次向马友友发出邀请。2005年，曾经为《星球大战》等片配乐的好莱坞配乐者约翰·威廉姆斯宣布，自己将和马友友合作共同完成《艺伎回忆录》的配乐。使得该片在2006年的奥斯卡中，不仅仅将在表演奖项上同各类影片一争高下，在音乐上已经比其他影片“先走了一步”。2006年，马友友回到故乡宁波举行《巴赫之旅》大提琴独奏音乐会，虽然是第一次踏上故乡宁波的土地，他手捧鲜花，不停地向大家招手致意，毫无漂泊海外游子对故乡的陌生之感。2007年，世界特奥会开幕式上马友友和他率领的“丝绸之路”合奏团参演了此次开幕式。谭盾为会旗入场仪式谱写音乐并担任现场交响乐指挥。2009年1月20日，马友友在美国总统奥巴马的就职典礼中演出，他领衔表演四重奏，四重奏由马友友、伊扎克·帕尔曼、盖布莉叶拉·蒙泰与安东尼·麦吉尔共同担纲。此后，奥巴马手按林肯当年宣誓用的《圣经》宣誓就职，并发表就职演说。2011年2月15日，美国总统奥巴马将2010年度总统自由勋章颁发给了包括马友友在内的15名人士。同年马友友获得美国肯尼迪中心“终身成就奖”，他的跨界新专辑《圈羊四重奏》也全球发行，合作对象是低音提琴家埃德加·迈尔、曼陀林手克里斯·席尔和小提琴家斯图尔特·邓肯。2012年，马友友第一次在重庆演出，携钢琴家凯瑟琳·斯托特共同上演《马友友和凯瑟琳·斯托特音乐会》，在此次重庆演出之前，马友友只在中国大陆的北京、上海、广州、西安、杭州等五个城市开过音乐会，重庆是马友友在西南地区的第一场音乐会。就是这第一场音乐会，筹办时间却长达四年。2013年8月6日，美国坦格伍德音乐节上——郎朗与马友友先后亮相，两位音乐家先后奉献了一场华人艺术家“背靠背”音乐会。马友友倾情奉献了经典的德沃夏克b小调大提琴协奏曲。2014年，马友友率丝绸之路合奏团亮相上海交响乐团音乐厅。当晚，这支“国际乐队”以《丝绸之路组曲》揭开演出的神秘面纱。此外，还上演了吴蛮的《夜深沉》，打击乐作品《编织》以及凯伊汉·卡尔霍的《万马奔腾》、克里斯托弗·阿德勒的《皇宫之乐》、桑迪普·达斯的《斯瑞斯蒂》等风格迥异的作品。2016年，马友友仍然在进行着他的丝绸之路计划。在香港艺术中心音乐厅，以一曲赵麟的大提琴、笙协奏曲《度》，为香港管弦乐团2016－2017音乐季作开幕演出。马友友、吴彤、余隆携《度》，从丝绸之路的起点西安出发，先后在西安、兰州、乌鲁木齐分别与西安交响乐团、兰州交响乐团、新疆爱乐乐团合作举办三场西部音乐会。11月16日，马友友北京场巡演在国家大剧院音乐厅举办。以往丝路乐团的巡演，都是来自中国的音乐人吴彤大多奔赴国外在世界各地演出，而这一次则是回到中国。
2017年1月15日，广东国际青年音乐周（YMCG）正式闭幕，此次音乐周，迈克尔·斯特恩和马友友带着临时组建了9天的广州青年交响乐团青年艺术家们在星海音乐厅上演了一场音乐会。