二战结束后，美军一度想烧毁靖国神社，但后来出于冷战的考虑，放弃了这一方案。靖国神社一度成为美国人的眼中钉 .. 1941年12月7日，日本联合舰队偷袭珍珠港，悍然挑起了太平洋战争。在一次次战斗中，美国人亲自“领略”了日军拼死顽抗的“战斗精神”，他们不太明白日军为何在战场上不惧死亡？于是，美国开始研究日本军国主义的根源。1945年，美国陆军部下令拍摄了一部名为《认识你的敌人日本》的影片。影片中解说道：“天皇对于日本人来说是最神圣的神，他一人独掌*、宗教大权。日本人相信战死之后灵魂可以被供奉于靖国神社，对于日本人，最高的荣誉就是战死后被供奉在靖国神社，因为连天皇也会去俯首参拜，所以日本人与其投降不如选择战死。”可以说，战前的靖国神社实际上完全是日本军国主义用以愚弄和笼络国民，煽动他们效忠天皇并甘心充当炮灰的御用工具。美国国立公文馆保存着一份1944年的美国国务院“战后计划委员会”的机密档案。档档案中写道，“靖国神社等神社并非我们所认为的宗教。它们崇拜军国主义分子，培育了攻击性的国家主义精神，这样的神社违反信教自由，应当关闭……”
1945年8月15日，日本宣布无条件投降。30日下午两点，美军将领麦克阿瑟乘坐的“巴丹”号座机抵达东京郊外的厚木机场。在鼓乐声中，麦克阿瑟志得意满，叼着玉米棒芯烟斗走下舷梯，他将作为盟军最高司令官、7500万日本人的绝对主宰者开始统治日本。此时的麦克阿瑟对日本军国主义恨之入骨，他一到任就下令解除日本武装，逮捕战犯。随后，美国公布了“战后初期对日政策”，表明美军将在日本实施宗教信仰自由，并禁止日本人打着宗教的旗号，搞极端国家主义和军国主义组织及运动，矛头直指靖国神社。
紧接着，美国国务院也公开宣布了废止日本国家神道，全面压制军国主义、极端国家主义的方针。美国政府、宗教界等就靖国神社的处置问题提出了各种方案，有的认为应该变成“国营纪念碑”，有的主张改为“无宗教色彩的追悼设施”，等等。然而在驻日美军军官们眼中，这实在是太便宜日本人了。一些美军将领，尤其是盟军总司令部(以下简称盟总)对敌谍报部的军官们，强烈建议麦克阿瑟放一把大火烧毁靖国神社，从精神上彻底解除日本的武装。这个建议打动了麦克阿瑟，很快，100名美国大兵开进了靖国神社。
美军的行动让日本军国主义分子陷入了极度惊慌，就在这时，他们接到了前首相东条英机的密令，称“靖国神社要永久存续，天皇亦理应参拜”。随后，日本军国主义分子展开了积极活动，企图维护靖国神社。靖国神社权宫司（负责人）横井时常考虑到，因为人们都认为靖国神社是战争的中心，原封不动保留是不可能的。于是，横井想出一个花招，他决定利用盟总尊重信教自由的政策，以纯宗教的姿态维护靖国神社。1945年11月26日，横井亲自拜访盟总宗教科科长巴斯，提出了靖国神社由国家神社变为宗教庙宇的方案，至于名字则无所谓，改称庙也好，宫也罢，或者干脆改称靖国庙宫。为诱使盟总接受该方案，横井甚至提出，可以考虑将靖国神社一带变成以学生为主要服务对象的娱乐一条街，设立剧场、音乐厅、美术馆等。此外，日本军国主义分子还煽动由战争遗孤组成遗族会向盟总递交请愿书，希望盟总保留靖国神社。横井的障眼法最终骗过了巴斯，巴斯对横井的方案大加赞赏，并提交给了麦克阿瑟。
就在横井等人积极游说盟总的同时，日本陆海军省也在紧锣密鼓地策划靖国神社临时大祭，为死掉的日本侵略军招魂。尽管此事遭到一些美军军官的强烈反对，但由于当时围绕靖国神社的处理问题，盟总内部发生了意见分歧，最后大家统一了意见，决定允许日本人举行大祭，并视大祭的情况来决定如何处置靖国神社。
1945年11月20日，在盟总的监视下，靖国神社举行了大祭，这是日本战败后的第一次，也是最后一次由国家主持的大祭。裕仁天皇和币原首相为首的政府各级官员以及日军代表参加了大祭，参拜者人数达到3万人。为了给盟总留下良好的印象，军人们穿着西服入列参拜，日本人的伪装终于有了收获，1945年12月15日，盟总发布了麦克阿瑟第448号指令，即所谓的“神道指令”，宣布废止国家神道，实行政教分离。但这道命令却同意靖国神社脱离国家管理成为宗教法人，并与其他宗教团体享受同等待遇，靖国神社终于逃过了灭顶之灾
1946年4月，靖国神社接到盟总的新通告，禁止天皇参拜靖国神社。接着，在中国、苏联等国的强烈要求下，美军用水泥将靖国神社内纪念日军侵略战争的13米高的大石灯笼抹平。11月，盟总又发布了关于靖国神社的新指令，指出靖国神社是军国主义神社，不承认将国有土地转让给神社，靖国神社存在的合法性再次遭到了质疑。1951年9月，盟总批准了土地转让事宜，靖国神社最终得以苟延残喘。此时的靖国神社虽已降为一般性的宗教团体，但神社中供奉的战争亡灵的灵位并没有撤除。
随着1952年美军占领时代的结束，各种祭拜靖国神社的活动相继“死灰复燃”。靖国神社摇身一变成为少数右翼势力为军国主义招魂、为侵略战争翻案的-舞台。至于当年美军为何没有烧毁靖国神社，据说是麦克阿瑟征询了罗马天主教教廷驻日代表比特神父的意见后，中止了烧毁靖国神社的计划。然而比特神父仅靠一人之力就能保住靖国神社么？真正的答案显然不是这样。
几十年后，一份盟总的解密文件揭开了谜底。这份名为“关于靖国神社的将来的见解”的文件赫然写道：“应该保留靖国神社，废止恐怕反而会增加事端。”文件指出了没有废止靖国神社的理由——美国人担心这不利于美国对日本的占领。正如巴斯后来在接受日本NHK电视台采访时回忆说：“继续制裁日本，不是我们的愿望，那时的日本，正按照我们的期望在行动。”当时，随着冷战的激化，美国大幅度改变了占领政策，不但停止清算日本的战争罪行，而且打算将日本建造成“-主义的防波堤”。在这种情况下，美国人自然不希望在靖国神社问题上得罪日本人。因此，对当前日本的靖国神社问题，美国人当年的自私行径应该负有一定的责任。