其祖父独孤楷周时已拜为西河县公，是八柱国卫国公独孤信的爱将，为隋代周后，又拜为右监门将军，进封汝阳郡公，数岁，迁右卫将军。601年出为原州（治今宁夏固原）总管。隋炀帝即位，转独孤揩并州总管 。
其父独孤彦云，早期随唐太宗参加玄武门之变。武德九年六月四日，长孙无忌与尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九人，入玄武门讨建成、元吉，平之。独孤彦云是九将中最早牺牲的，在颉利可汗南下时壮烈牺牲。封幽州都督、历阳郡公。
同时，独孤彦云后在颉利可汗与唐对峙中牺牲，《唐会要·卷六·诸帝公主》中记载安康公主下嫁独孤谋，与《新唐书》记载一致，然而《卷二十一》关于昭陵陪葬人员又记载安康公主驸马独孤彦云。由于史料中关于这两人记载都很缺乏，所以众说纷纭，很多专家认为独孤谋可能就是独孤彦云（独孤谋字彦云）