石据是石皋之子。7岁时，读书即过目成诵，长大后，博通经史，工于词章。中状元后，任弘政县令。调邢台令，当时郡守对属下贪暴，搜掠民财，以至上行下效，中饱私囊。惟独石琚出污泥而不染，保持清廉，对非己之物，虽一毫而不取。郡守事败，诬属下与之同罪，石琚以廉力辩，改任秀容县令，召为礼部主事、左司都事，累迁为吏部郎中、侍郎。
贞元二年（1154），石琚任左谏议大夫时，上疏六事，均被嘉纳，大定年间，石琚累迁吏部尚书。石琚在吏部任职长达十年，对所涉及之事，了如指掌。因政绩显著，世宗欲用为参知政事，石琚力辞三次，世宗均不准，并令其与右丞苏保衡监管工程，工程结束。进拜为尚书右丞，后又进拜为左丞兼太子少师。期间，石琚竭忠尽力，政名播于朝野。
金世宗即位以来，石琚对于朝政多有禆补。因此，深得皇帝信赖。大定十三年至十六年（1173～1176），石琚两次上表乞请致仕，均被朝廷拒绝。大定十七年，拜平章政事。大定十八年，拜右丞相，此后，封莘国公。石据以年老染病为由固辞，世宗道：“朕知卿年老，勉为朕留，俟一二年，朕将思之。”又对宰臣言：“朕为天子，未尝敢专行独断，每事偏问卿等，可行则行之，不可行则止也。”石琚与平章政事唐括安礼奏道：“好问则裕，自用则小，陛下行之，天下幸甚。”石琚居官一年后，又一次上表乞请致仕，世宗许之。金世宗对朝中宰辅大臣们说：“知人最为难事，唯石琚为相，往往举能为官。”
大定二十二年（1182），石琚病逝于家中，享年72岁。谥文宪。
泰和元年（1201），金章宗诏令将其图像挂于衍庆宫，牌位配享世宗庙庭。
石琚为人沉厚好学，为政勤逸清廉，有知人善任之名。世宗于大小政事，必先咨询石琚而后定，对其可谓言听计从，史家将世宗誉为“小尧舜”，这其中汉人宰相石琚功不可没。
著有名篇《郊天配飨疏》。