董福祥字星五，毛井乔崾岘王朝山（清属固原）人，生于道光十九年（1839）。福祥出身农家，父董世猷，天性开朗坦荡，好赈人急，为当地哥老会会首，兄弟三人，福祥排行第二。福祥幼年家道中落，读书未成。青年时，放浪不羁，骠悍好斗，常流连于， 场，往来于帮会，喜谈兵习武，结交豪侠。
同治初，西北回、汉群众掀起大规模反清斗争，清军一时难以平息，各地皆组织团练自保。董福祥利用父亲哥老会的社会关系和自己的交往，与张俊等组织汉民民团，以卫桑梓。福祥乘机自立山堂，发展“哥弟”， 追随者日益众多。因不满地方官府苛政，愤而起事，被安化县（今甘肃庆阳）把总王霭臣捕获，拘于囚笼，施以开水灌顶的酷刑。禁卒见状不忍，谎报福祥已死，弃于荒野，被一老妪救回家中，供给饭食，疗治创伤。愈后，号召四方，重振团勇。同治二年（1863），陕西白彦虎回民义军占领董志塬，福祥率团与回军和官军作战。同治三年（1864）二月，为解决所部给养，接受环县知县翁健之邀，防守环县城。
同治三年五月，翁建离环，董团粮草无望，福祥遂统众自树，倒戈反清。陇东地区各股民团推举董福祥为团总，李双良、杜乃子为团副，拥众数万，以安化一带作为根据地，提出“反清-，保卫家乡，有饭同吃，有难同受，有福同享，有祸同当”的口号，与白彦虎军达成协议，互相配合，共同与清军作战，成为陕甘交界地区一支势力强大的汉族反清武装。七月，率部在强家沙窝阻击清雷正绾部，以增援回民义军。同治四年（1865）六月，清军进攻金积堡，福祥率部配合作战，大败清军，缴获甚众。同治五年（1866）十月，张宗禹率领西捻军打进陕西后，董军又与捻军联合作战。同治六年（1867年），董军相继攻占甘泉、安塞、延长等县城，实力波及陕甘十余州县，队伍扩大到20万之众。福祥将大本营迁至靖边县镇靖堡，以陕北“三边”一带为根据地，自封“陕甘自卫总团元帅”。
西捻军失败后，董福祥部便成了清军进攻的重要目标。同治七年（1868）十一月，陕甘总督左宗棠筹划分南、北、中三路进剿陕甘回民军,以刘松山湘军为北路，由山西永宁（今山西离石）渡河进驻绥德，开始先平“土匪”（指董军等部汉民团），后剿“回匪”的军事行动。十二月，打败董军主力李双良、张俊部。刘松山亲督马步主力直逼镇靖堡，董福祥父亲董世猷和哥哥董福禄无力抵抗，开城投降，并传信严饬福祥归顺朝廷。十二月二十四日，董福祥率张俊、李双良各部约十万众向清军投降。经左宗棠批准，刘松山择董部精壮者，按湘军编制改编为三个营，授董、张、李三人均为五品军功，董福祥领中营，张俊领左营，李双良领右营，号称“董字三营”。董福祥部降清，为湘军扫清了进攻宁灵的通道，使马化龙领导的回民义军失去了一支强有力的盟军，反过来，骁勇善战，熟谙地情的“董字三营”，成为回民义军的劲敌。同治八年（1869）八月，刘松山开始征讨宁夏的战役。在灵州 与陕西回军的战斗中，董部打仗十分卖力。刘松山通过实际考察，看到福祥的忠勇可靠，在攻打吴忠堡一带的战斗中，改让董部担当正面主攻的任务。十一月，在波浪湖大战中，董部冒死绕至长墙卡后偷袭回军，为夺取胜利起到关键作用。福祥在肉搏战中，虽然右肘被 弹洞穿，仍然指挥若定。九年（1870年）二月，刘松山战死，侄儿刘锦棠接统湘军，福祥辅佐。攻克金积堡后，福祥由五品军功超授都司，赏戴花翎、加副将衔。
同治十年（1871）十二月至光绪元年（1875）一月，董福祥随刘锦棠，参加对河州、西宁、肃州等地回民义军的征剿。同治十年（1871）十二月，至河州，驻康家崖。同治十一年（1872）七月，至碾伯。八月，战峡口，苦战五十余日，大败陕西回民义禹得彦、崔伟部，解西宁围，白彦虎败走大通。福祥迁游击将军。同治十二年（1873）正月，围攻向阳堡，福祥冒弹雨礌石先登，破其一堡。九月，克肃州。同治十三年（1874）十一月，率马步九营至河州，攻闵殿臣义军，战毕，擢升为参将并被“保荐提督”。
同治年间，安集延帕夏阿古柏勾结英、俄占据喀什及南疆诸城，成立“哲德沙尔汗国”，随后继续北侵，占据乌鲁木齐等地，沙俄出兵占领伊犁，白彦虎败入新疆后，投靠阿古柏，新疆领土有沦陷之危。此时，清廷出现“海防”与“塞防”的争议，左宗棠力主武力收复新疆，得到采纳。光绪元年（1875），清廷任命左宗棠为钦差大臣、督办新疆军务，部署西征。经过近一年的准备，光绪二年（1876）正月，福祥率军为先锋，随刘锦棠西征。首战天山，值大风骤起，飞沙蔽日，白昼如夜，南来的湘军胆怯不敢进击，福祥统军风沙无阻，冲锋在前，一鼓歼敌。首战告捷后，连破木垒河、古牧地，克复乌鲁木齐，攻战玛纳斯城。新疆北路略定，福祥“赏记名总兵，并授阿尔杭阿巴图鲁勇号”。因左宗棠奏请，加福祥提督衔。
光绪三年（1877）三月，福祥率马步九营攻破达坂城，擒安集延大通哈（大总管）爱意德尔呼里，斩首两千余级。三月十一日，抵白杨河，直捣阿古柏老巢托克逊。三月十八日，阿古柏自尽于库尔勒。八月，率步兵三营，自阿哈布拉、榆树沟进至曲惠。九月，先后收复喀喇沙尔、库尔勒、库车、拜城、阿克苏、乌什，因功赏穿黄马褂，授提督衔。十一月，随刘锦棠攻取喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔。十一月二十四日，自率部南渡戈壁沙漠，略定和田。二十九日，抵和田，安集延部四处奔窜，福祥命分道追捕，斩获甚众。至此，除伊犁仍为沙俄占领之外，全疆收复。福祥在整个西征中，“战无坚阵，攻无完城，和田之复，专军攻取，厥功尤伟”“由是董军名震西域”,加封云骑尉世职。光绪四年（1878）一月，董福祥率部由和田移驻喀什噶尔，总统南疆西四城（喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田）各军，开始长达16年的戍边生涯。当时，沙俄支持阿古柏、白彦虎残部侵扰不断，福祥多次组织反击，布伦可追歼战斩首两千余，因功赏头品顶戴。光绪十二年（1886），新疆建立行省，于阿克苏设立军镇，任命福祥为镇守总兵官。光绪十六年（1890），升任喀什噶尔提督。光绪十八年（1892），迁乌鲁木齐提督驻节喀什噶尔。驻疆期间，福祥在治军御边的同时，率众治理喀什噶尔河、葱岭南河、叶尔羌河，疏浚渠道，兴修水利，开垦屯田，发展养蚕缫丝，恢复生产，并对南疆诸城进行修整、扩建、重建。
光绪二十年（1894），清廷为慈禧大办六十寿典，光绪皇帝颁谕旨，钦点各省文武大员进京，赏加福祥尚书衔。九月，抵京。光绪二十一年（1895）春，青海回族、撒拉族起事，河州、西宁、碾伯、大通、丹噶尔厅等地回民纷起响应。五月，陕甘总督杨昌濬电奏朝廷：“请饬董福祥率全部星夜回甘”。清廷命福祥督办甘肃军务。七月，离京赴甘肃。八月二十一日，离平凉，冒雨西进。月底，至安定，聚集各路兵马。九月十二日，至狄道。十月，渡洮河，攻克河州，并遣将开往西宁。十一月，由乌鲁木齐提督迁甘肃提督。光绪二十二年（1896）二月，自请解西宁围，克上、下五庄，收复大通、多巴。十月，加太子少保衔，赏都骑尉世职。年底，移节兰山书院。光绪二十四年（1898），清廷再次调董福祥甘军移防京都近畿。戊戌变法失败后，慈禧复出“训政”，由荣禄领导组建武卫新军，武卫新军共编五军：甘军列为武卫后军，董福祥任统领，驻蓟州，兼顾通州，拱卫京师。
从光绪二十五年(1899)起，随着列强对中国侵略的加深，京津一带爆发义和团运动，各地焚教堂、驱洋人事件迭出，各国驻京使节纷纷提出 。慈禧采取骑墙政策，企图利用义和团驱逐洋人。光绪二十六年(1900)春，降旨命载勋为义和团总统领，大学士刚毅为协办，并命董福祥与义和团联合。京城的义和团和董军到处焚教堂、杀教民、拆电线、烧学堂、捣洋楼、毁洋商，事态愈演愈烈，各国驻京使节要求派兵前来保护使馆和侨民。五月十五日，日本派卫兵到京，日本使馆书记官杉山彬出城迎接，在永定门外为董部杀死。端王载漪闻报后，特召见他，并伸拇指称他“真是好汉”。十六日，自请率25000余武卫后军向天津进发，以阻止联军入京。二十二日，败西摩尔联军于廊坊车站。二十四日，武卫后军与义和团开始向各国使馆聚居的东交民巷进攻，历时20多天，死伤甚众，未攻下。六月十六日，八国联军开始进攻大沽口，随即攻占大沽炮台，天津陷落。清廷乃急调董福祥甘军自京驰赴北仓(天津西北)抵御，甘军和义和团在火器劣势的情况下，犹奋战20天，曾多次出击歼敌，予联军以打击。终因侧背受敌，于七月撤退北京，重整队势，固守广渠门、东便门、朝阳门一线。七月十九日，八国联军抵北京城下，攻打京城各门。防守朝阳门的董部马福禄奋力死战，终被联军炮火集中轰击，死伤惨重，马福禄被炸死，该门遂陷敌手。继之东便门、广渠门，均为联军攻破。慈禧和一些王公大臣看援兵不至，宫廷不保，遂决定挈光绪帝出奔。光绪、慈禧混于败兵0彰仪门，留庆亲王奕劻在京议和。慈禧命福祥为随扈大臣，节制全部满、汉马步残军，护驾西行，经宣化、大同、太原、蒲州，于九月四日抵西安。清廷与联军议和后，董福祥被联军控为“首凶”，坚欲诛杀。李鸿章以其久居西北，恐激起事变为由搪塞，联军不允。光绪二十七年（1901）2月，清廷决定对董“革职永不叙用”。光绪二十八年（1902）造府邸，定居金积堡。光绪三十四年（1908）正月初九日，病逝于金积堡府邸。遗嘱上缴白银40万两、洋 1600支。是年秋，葬于固原南乡十里墩。