朱祐（？－48年），字仲先，汉族，南阳郡宛人。原名朱祜，在汉代史书《东观汉记》之中，为汉安帝（刘祜）避讳把他的名字写作朱福，范晔写《后汉书》时已经不用避讳，却写作朱祐。
朱祐自幼与刘秀相识，关系极好，自刘秀起兵就一直跟随左右，虽曾被俘没有影响刘秀对他的信任，历任护军、偏将军、建义大将军，先后封为安阳侯、堵阳侯、鬲侯。
少年相交
朱祐少年丧父，随母亲回到复阳县（今河北省故城县西。当时属清河郡）外祖父刘氏家中居住，经常往来于舂陵之间，所以他与刘演、刘秀兄弟自小便相识，还曾和刘秀兄弟一起在长安求学，在刘氏兄弟起兵前，就建立了深厚的感情。
王莽末年，天下大乱，绿林军、赤眉军相继起义，刘演、刘秀兄弟也起兵于舂陵（今湖北枣阳），号称“舂陵兵”，朱祐也参加了刘氏兄弟舂陵起兵的行动。刘演被更始帝刘玄任命为大司徒之后，任命朱祐为他的护军，此后朱祐以护军的身份一直跟随在刘演左右。刘演被刘玄杀害之后，朱祐只身一个人跑去找刘秀报信，此后便一直留在刘秀身边。
从平河北
公元23年（更始元年），刘玄遣刘秀行大司马事北渡黄河，镇慰河北州郡。朱祐又被刘秀任命为所部护军，从此朱祐与刘秀一起开始了平定河北的征战。
刘秀对朱祐非常关爱信任，经常见面商谈，同吃同住。当时汉军的主要作战对象是割据河北的王郎，朱佑在与王郎军的交战中非常卖力，常力战陷阵，屡立军功，刘秀就拜朱祐为偏将军，封安阳侯。
刘秀消灭王郎之后，河北的数十支农民军，成为刘秀占据河北的主要障碍。刘秀向农民军发动了一系列的进攻，朱祐随刘秀参加了这些军事行动。在消灭农民军主力之后，刘秀率军回蓟，命令朱祐与耿弇、吴汉、景丹、盖延、邳彤、耿纯、刘植、岑彭、祭遵、王霸、坚镡、马武、陈俊十三将军继续追击农民军残部，朱祐诸将在潞东、平谷，连续重创敌军，斩首一万三千余级，最后一直追到右北平郡的无终县（今河北蓟县）、土垠县（今河北丰润东）、俊靡（今河北遵化西北），将农民军残部消灭得干干净净。
平定河北之后，公元25年（建武元年），刘秀即皇帝位，拜朱祜为建义大将军。大将军者，可节制数路将军，可见刘秀对将才一般的朱佑相当器重。
围困洛阳
为了夺取中原重镇洛阳，公元25年（建武元年）七月，刘秀派吴汉为大司马，统率朱佑、刘植、坚镡、岑彭、王梁、万脩、贾复、侯进、冯异、祭遵、王霸等十一员将领围攻洛阳。
当时镇守洛阳的是更始皇帝刘玄的大司马朱鲔，朱鲔曾参杀刘演的事件，因此固守不降。汉军久攻不下，正苦于无法破城之时，洛阳防守东城门的将领决定投降，私下里与坚镡达成协议，于次日清晨打开上东门。坚镡马上向朱祐报告，次日清晨，城门一开，朱祐与坚镡乘机率军而入，与闻讯赶来的朱鲔部队在武库相遇，双方大战，杀伤很多，直到早餐时终因不能击破敌军，撤兵回营。坚镡、朱祐虽然没有攻破洛阳，但朱鲔对部队的忠诚产生了怀疑，失去了死战的决心，随后刘秀又派岑彭劝降，朱鲔最终投降。
定都洛阳之后，公元26年（建武二年）春，刘秀第二次大封功臣，更封朱祐为堵阳侯。
剿灭民军
公元26年（建武二年）春，残余的五校农民军与檀乡农民军合兵进扰魏郡（郡治邺城，今河北临漳西南邺镇东）、清河郡（郡治清阳，今河北清河东南）。在刘秀的命令下，大司空王梁、建义大将军朱祐、执金吾贾复、偏将军王霸、杜茂、扬化将军坚镡、骑都尉刘隆、马武、阴识等九将军随大司马吴汉去清剿。汉军与农民军大战于邺东漳水之上，农民军战败，被斩首、投降的有10余万人。
为了巩固洛阳，剿灭洛阳西、南一带的流民军，公元26年（建武二年）春，刘秀命令朱祐与王常、景丹、朱祐、祭遵、王梁、臧宫一起统领大军南出箕关（中国古代太行八陉之一——轵关陉上一处著名关隘），向南进军，去清剿盘踞在洛阳西南地区的弘农、厌新、柏华、蛮中等流民武装，经过一年的苦战，平定了这些地方。
公元26年（建武二年）秋，建义大将军朱祐与景丹、吴汉、建威大将军耿弇、执金吾贾复、偏将军冯异、强 将军陈俊、左曹王常、骑都尉臧宫等击破五校军于羛阳，迫降其众五万人。
兵败被俘
朱祐等人一路顺利，可这时后方南阳却先后发生了董訢、邓奉叛乱，公元26年（建武二年）十一月中旬，刘秀任命廷尉岑彭为征南大将军、南征大军主将，又令建义大将军朱祐、执金吾贾复、建威大将军耿弇、武威将军郭守、越骑将军刘宏、偏将军刘嘉、耿植等人为副将，率领汉军数万，南下讨伐邓、董。这一次，朱祐遭遇了自己军事生涯的滑铁卢，他率部在淯阳（今河南省新野县东北）与邓奉交战时，兵败被俘。朱祐和邓奉及他的叔叔邓晨（刘秀的姐夫）早年就相识，又一同随刘氏兄弟起兵，因此邓奉没杀朱祐。
公元27年（建武三年）夏天，刘秀御驾亲征去增援前期南下的汉军，邓奉见汉军势力大，决定投降，于是他就请朱祐请出来，由朱祐押着他一起来到刘秀大营中请罪。
刘秀赦免了朱祐被俘之罪，并且以劝降邓奉有功为由，恢复了朱祐所有的官职、爵位。并继续派他领兵作战，朱祐先后带兵攻占了新野、随县。
生擒秦丰
为了消灭割据荆襄一带楚黎王秦丰，公元27年（建武三年），刘秀派遣岑彭、傅俊、臧宫、刘宏率军南征，但汉军进攻受阻，迟迟不能突破敌军防线，六月末，刘秀又令朱祐为主将，祭遵为副将，率领第二拨汉军南下，朱祐见了岑彭，两人作了分工。朱祐负责北线，对付延岑、张成。岑彭负责南线，对付秦丰、蔡宏。
分工之后，朱祐率领征虏将军祭遵与延岑大战于东阳，大破延岑，临阵斩了秦丰的大将张成，延岑率军败走，去投秦丰。这一仗朱祐缴获的印绶就有九十七件。
随后朱祐挥军进攻黄邮城（今河南新野东），黄邮城守军望风而降，听到南线捷报频传，刘秀非常高兴，赏赐朱祐黄金三十斤。
朱祐、岑彭会师合围秦丰的都城黎丘（今湖北宜城西北）之后，刘秀下令岑彭、傅俊率军南下，转攻盘踞在夷陵（今湖北宜昌东南）的田戎。围攻黎丘的任务，交给了建义大将军朱祐，又命破奸将军侯进、辅威将军耿植率领本部汉军协助朱祐围困霍丘。朱祐接手围困的任务之后，挥军击破蔡阳，擒杀了秦丰的守将张康，打掉了秦丰最后的支援。[18-19]
为了尽早结束战斗，刘秀亲自到黎丘，派御史中丞李由为使者持玺书来到城下招降，秦丰却仍然不降，还口出恶言，刘秀大怒，回京之前告诉朱祐，一旦拿下黎丘，立即诛杀秦丰及其三族，无需押解回洛阳治罪！
经过长期围困，秦丰粮尽，朱祐乘机猛攻，公元29年（建武五年）六月，秦丰终于撑不下住了，只好领他的母亲妻子九人肉袒出城投降。按照刘秀的旨意安排，对负隅顽抗的秦丰应该就地处决，并灭其三族。然而朱祐心地善良，不忍这百口无辜这就样被杀，只是将秦丰及家属收监，然后用槛车送往洛阳报捷。
朱祐违旨的事情被吴汉知道了，吴汉上奏刘秀，-朱祐废诏接受投降，违反了将帅的使命。但刘秀只是下令将秦丰处斩，并没有怪罪朱祐。而是下令将朱祐调回洛阳。朱祐返回后，与骑都尉臧宫联合围剿被延岑余党所盘踞的阴县、酂城、筑阳三座县城，全部将其扫平。
防守匈奴
东汉初年，因为长期战争，力量比较薄弱。使东汉政府对匈奴无法在战略上采取积极-的行动，只能采取消极防御的方针和策略。
公元33年（建武九年）春天，骠骑大将军杜茂与雁门太守郭凉出兵讨伐依附匈奴的卢芳，因为匈奴骑兵万余人前来救援，杜茂大败，-率军退入楼烦城（今山西省娄烦县境内）。刘秀得报，急调大司马吴汉、横野大将军王常率领部分汉军主力从关中就地北上，又令建义大将军朱祐、破奸将军侯进、讨虏将军王霸三人率部从洛阳北进，星夜驰援楼烦。汉军集结完毕之后，公元33年（建武九年）六月中，大司马吴汉亲率朱祐、王常、侯进、王霸等四将，总计大军五万余人，与卢芳的部将贾览、闵堪在高柳展开了决战。卢芳急向匈奴请援，匈奴骑兵来增援，又下起了大雨，汉军再次大败，损失惨重，吴汉南归洛阳。留朱祐屯常山郡，王常屯涿郡，侯进屯渔阳郡。王霸屯上谷郡。此后朱祐屯兵于常山郡的南行唐一带（今河北行唐县南桥乡故郡村），以防备匈奴和卢芳。[23-25]
辞官闲居
公元37年（建武十三年），光武帝刘秀增加他的封邑，受封鬲侯，食邑七千三百户。
公元39年（建武十五年），朱祐主动上交大将军印绶，并留在京师。同时朱祐上奏：自古以来，大臣受封赏都没有加王的称号有，所以可以把诸王的王爵改为公爵。又上奏：应该把 （大司马、大司徒、大司空）的官职都被去掉了“大”字，以合法理。这些建议都被刘秀采纳。
辞官之后，刘秀顾念旧情，多次赏赐朱祐。公元48年（建武二十四年），闲居十年的朱祐在家中去世。