马之骐于万历三十四年（1606）乡试中举。万历三十八（1610)年与其弟马之骏同登庚戌科进士。马之骐得中一甲第二名，马之骏得中二甲五十一名，兄弟同科登进士在明朝并不多见。
马之骐高第后，授翰林编修。万历四十六年（1618)五月，充起居注馆纂修。七月奉命出任湖广乡试主考官，所拔皆当时知名士子。天启五年（1625)，升任尚宝司卿。天启六年（1626）二月，为国子监司业，七月又升为国子监祭酒。在天启朝，以“抗怀孽官，独标忠清”而闻名。
马之骐历仕三朝，官至礼部左侍郎。
马之骐与其弟马之骏均有才名，以诗文称誉于世。去世后，均入祀乡贤。