瞿九思,字睿夫，号慕川。黄梅人。十岁时随父亲瞿晟到吉安任所，从罗洪先生读书。十五岁时作《定志论》，劝父亲辞去官职，回乡归隐。十九岁时，又众耿定向攻读《春秋》。万历元年（公元1572年）考取举人。
适值县令张维翰残酷剥削农民。农民愤起反抗，殴打县令，捣毁县署。维翰不思反悔。嫁祸于瞿九思，诬控瞿是后台。巡按御史向程据实呈报：说是县令-激起民反，但吏部尚书张翰却庇护县令，诬九思纵民作乱，朝廷把九思流放到长城以外。
长子瞿甲，年十三，作《辩白书》数千言。遍投公卿，为父-；次子瞿罕也多次伏阙上 书，请求宽宥；又有浙江屠隆，怜才仗义，作《为瞿睿夫讼冤书》遍告朝野；更有冯梦祯在湖北人张居正前为九思剖析，张居正知九思有才华，从中周旋，瞿终被释放返里。
九思蒙冤之前，曾应江西督学徐炒之请，主讲庐山白鹿洞与炒倡“太极定性”之学（唯心主义哲学）；应楚督学胡达之请，主濂溪读书院。其后，讲学于岳麓书院、石鼓书院。并应巡抚赵贡之请，纂修楚志。
九思冤白回家之后，著书立说，四方从学者日众，当时，部院大臣向九思求书惟恐不获，士大夫过楚，均以未能亲领九思教诲为憾。御史史学迁按楚时，推荐九思进翰林院，经皇帝同意，但九思坚持不受。后来学迁建江汉书院于广济垅坪，请得九思主持讲学。朝廷并命令地方每年给米六十石，资助瞿著作。他先后撰写了《六经以俟录》、《中庸口授》、《中庸位育图》、《洪范衍义》、《仁统》、《孔门愠解》、《和燮编》、《实用编》、《时务表》、《边略》、《万历武功录》、《仿古编》、《蓄艾编》、《土俗章权》、《肖元录》、《佛钥》、《孔庙礼乐考》、《明诗拟》、《幽赞录》、《文章堂集》、《纪思录》、《言善录》、《知命篇》、《历正同仁手札》、《后先进呈》，等书。卒年七十一岁。