天启五年（1625）会试全国贡士，华琪芳力挫群芳夺得第一名，会元。殿试又拔得一甲殊荣，授翰林编修。当时正是奸臣、大宦官魏忠贤把持朝政。朝中正直有作为的大臣都一个一个地被排挤掉。魏忠贤令翰林史官顾秉谦、黄立极等纂修颠倒黑白的《三朝要典》。当时华琪芳也参与了此项工作。随着思宗的即位，魏忠贤的倒台，《三朝要典》一时成了划分忠奸的标准，华琪芳因此被罢官。每思此事，华琪芳感叹地说：“假如我不参与纂修《三朝要典》，现在也可以为相了。”足见失足一时，遗恨千古。
华琪芳历官少詹事，罢官归乡后，决意终身不入仕途。在乡居庭院内他侍养着一只仙鹤，每每歌诗吟咏，自娱自乐。年49岁卒。
著有《宜博集》。