顾起元（1565～1628），字太初，一作邻初、瞞初，号遁园居士，江苏江宁（今南京）人。明神宗万历二十六年（1598）戊戌科赵秉忠榜进士第三人。
顾起元万历二十五年（1597）乡试第十二名，第二年会试第一人，殿试一甲第三人，授翰林编修，曾上《祈天永命》疏，针砭时弊，竭诚备述，但未被采用。万历三十八年（1610）升任南京国子监司业，四十三年（1615）六月为祭酒。终于吏部左侍郎兼翰林侍读学士。
顾起元一向清修自尚，深得其座主叶盛等人的器重，曾准备向朝廷推荐重用，但顾起元竟接连三次上疏乞休，避居遁园。朝廷七次召他进京任职，都被他拒绝了，为此友人题其居舍为：“七召亭。”他的学生巡视两淮时，知道他素来清贫，心里十分不安，便私下告诉盐商，以重金向顾起元索求文字、书信等收藏，却都被顾起元拒绝了。
顾起元学问广博，凡古今成败，人物贤否，典故趣闻，无不通晓。居家每每在林壑溪水间流连忘返，绝少与地方官府联系。但对地方也有贡献，诸如建议兵部快船改马船、杜绝卫官之科索，两县坊厢准里甲，为条编更定良法，均受到当地军民的欢迎。见有妄言复旧，以行私利的人，顾起元总要据理力争。
顾起元博览群书，文章写得好。他们兄弟四人，一个进士，官光禄，一个举人，官主事。每年元旦拜完祖先，全家长幼团聚，置酒一壶，上席列坐三四排，酒只饮而不干杯，其他子弟皆空杯而已。每次，顾起元必言朝章家政，这时，也只有当光禄寺卿的弟弟连连点头称是，其他人都不敢出声。这种典型的士大夫式的家风，就是在当时也已很少见。
顾起元学识渊博，著作精核。他还十分注重地方文献的。享年64岁。谥文庄。
著有《客座赘语》、《尔雅堂诗说》、《金陵古金石考》等文集近百卷。