吕希纯，字子进，吕公著子。登第，为太常博士。元祐祀明堂，将用皇祐故事，并飨天地百神，皆以祖宗配。希纯言：“皇祐之礼，事不经见，嘉祐既已厘正。至元丰中，但以英宗配上帝，悉罢从祀群神，得严父之义，请循其式。”从之。
历宗正、太常、秘书丞。哲宗议纳后，希纯请考三代昏礼，参祖宗之制，博访令族，参求德配。凡世俗所谓勘婚之书，浅陋不经，且一切屏绝，以防附会。迁著作郎，以父讳不拜。擢起居舍人，权太常少卿。
宣仁太后崩，希纯虑奸人乘间进说摇主听，即上疏曰：“自元祐初年，太皇听断，所用之人皆宿有时望，所行之事皆人所愿行。唯是过恶得罪之徒，日伺变故，捭阖规利，今必以更改神宗法度为说。臣以为先帝之功烈，万世莫掩。间有数事，为小人所误，势虽颇有损益，在于圣德，固无所亏。且英宗、神宗何尝不改真宗、仁宗之政，亦岂尽用庆祖、太宗之法乎？小人既误先帝，复欲误陛下，不可不察。”未几，拜中书舍人、-国史。
内侍梁从政、刘惟简除内省押班，希纯以亲政之始，首录二人，无以示天下，持不行。由是阉寺侧目，或于庭中指以相示曰：“此缴还二押班词头者也。”
章惇既相，出为宝文阁待制、知亳州。谏官张商英憾希纯，攻之力。又以外亲嫌，连徙睦州、归州。自京东而之浙西，自浙西而上三峡，名为易地，实困之也。公著追贬，希纯亦以屯田员外郎分司南京，居金州。又责舒州团练副使，道州安置。建中靖国元年，还为待制、知瀛州。徽宗闻其名，数称之。曾布忌希纯，因其请觐，未及见，亟以边，遽趣遣之。俄改颍州，入崇宁党籍。卒，年六十。