冯子琮，信都人，北燕主冯跋之后也。父灵绍，度支郎中。子琮性聪敏，涉猎书传。为肃宗除领军府法曹，典机密，摄库部。肃宗曾阅簿领，试令口陈，子琮暗对，无有遗失。子琮妻，胡皇后妹也。迁殿中郎，加东宫管记。又奉别诏，令共胡长粲辅遵太子，转庶子。
天统元年，世祖禅位后主。世祖御正殿，谓子琮曰：“少君左右宜得正人，以卿心存正直，今以后事相委。”除给事黄门侍郎，领主衣都统。世祖在晋阳，既居旧殿，少帝未有别所，诏子琮监造大明宫。宫成，世祖亲自巡幸，怪其不甚宏丽。子琮对曰：“至尊幼年，纂承大业，欲令敦行节俭，以示万邦。兼此北连天阙，不宜过复崇峻。”世祖称善。
及世祖崩，仆射和士开先恒侍疾，秘丧三日不发。子琮问士开不发丧之意。士开引神武、文襄初崩并秘丧不举，至尊年少，恐王公有贰心，意欲普追集凉风堂，然后与详议。时太尉录尚书事赵郡王睿先恒居内，预帷幄之谋，子琮素知士开忌睿及领军临淮王娄定远，恐其矫遗诏出睿外任，夺定远禁卫之权，因答云：“大行，神武之子，今上又是先皇传位，群臣富贵者皆是至尊父子之恩，但令在内贵臣一无改易，王公已下必无异望。世异事殊，不得与霸朝相比。且公出宫门已经数日，升遐之事，行路皆传，久而不举，恐有他变。”于是乃发丧。元文遥以子琮太后妹夫，恐其奖成太后干政，说赵郡王及士开出之，拜郑州刺史，即令之任。子琮除州，非后主本意，中旨殷勤，特给后部鼓吹，加兵五十人，并听将物度关。至州未几，太后为齐安王纳子琮长女为妃，子琮因请假赴邺，遂授吏部尚书。其妻恃亲放纵，请谒公行，贿货填积。守宰除授，先定钱帛多少，然后奏闻，其所通致，事无不允，子琮亦不禁制。俄迁尚书右仆射，仍摄选。
和士开居要日久，子琮旧所附托，卑辞曲躬，事事谘禀。士开弟休与卢氏婚，子琮检校趋走，与士开府僚不异。是时内官除授多由士开奏拟，子琮既恃内戚，兼带选曹，自擅权宠，颇生间隙。琅邪王俨杀士开，子琮与其事，就内省 之。子琮微有识鉴，及位望转隆，宿心顿改。擢引非类，以为深交；纵其子弟，官位不依伦次；又专营婚媾，历选上门，例以官爵许之，旬日便验。