林肇基，原籍古田县。清光绪二十五年(1899)生于古田杉洋村。幼年丧父，家贫由寡母抚养。7岁为人放牛，民国3年(1914)由基督教会选送来建瓯培英小学读书，继而进福州三十一中学，仍由教会供给费用。民国12年毕业，返建瓯母校任教。民国16年再由学校保送至北京燕京大学文学系进修，民国20年毕业，回建瓯汉英中学任教。当时教会学校由外国人任校长，国家为收回教育权，通令一律立案，并以华人充任校长。肇基因而当上汉英中学第一任华人校长。教会学校原以基督教圣经为必修课程，每逢星期日学生必须在教堂做礼拜。肇基接任校长后，悉予废除。把宗教信仰与教育事业分开。按照国家教育宗旨办学。其时建瓯基督教会还办培英女子中学，肇基乃将两校合并，改名为建瓯培汉中学，打破教会学校男女分校的定规。
肇基在培汉中学校长任内，曾支持和掩护中共党人秘密活动。早期福建中共党人庄又陵与肇基为同乡、同学，庄在建瓯开展革命活动，以养病为名，在肇基家中住宿一年半。中共在建瓯有3个小组，其中一个小组就设在培汉中学，并作为交通站。他供应庄又陵膳宿，有时更代传信息，中共组织认为他是可靠的同路人。庄又陵在此期间，曾吸收培汉中学学生庄征、肖玉英、叶康生等人加入中共组织。肇基还陆续聘任中共党人及进步人士张贞、沙陆墟、林越轩、李学贤、陈仇、陈希瑶等为教员。
肇基此种政治倾向，于40年代初期，曾遭国民党当局监视，继而与沙陆墟、林越轩等同时被逮捕，投入梅列集中营。他屡遭迫供，坚决否认为共产党人，终使审判人员在社会舆论指摘下，予以释放。
建瓯解放，1949年6月军管会成立，他曾任军管会文教处副处长。11月充任县人民代表会议代表，并被选为常委会常委。省立建瓯中学与县立中学、简师合并为建瓯中学，肇基任校长，原培汉中学校长则由李非凡担任。1962年在北京病卒，终年63岁。