邹应魁，字伟长，号榕斋，明泉州府同安县金门所人，生卒年不详。他自幼聪明颖悟，勤奋攻读，立志功名。参加邑试，名列考生之首，后因父亲去世没有参加乡试。
嘉靖间，倭寇大举骚扰，福建沿海各县，直至永春、德化、安溪，都惨遭抢掠、杀戮。俞大猷视察金门所，应魁从大猷游，日与大猷谈论海防事，敬仰大猷豪情壮志，遂弃文习武，立志荡寇卫民。他勤学苦练，学得一身武艺，且精通兵法。嘉靖二十五年(1546年)登武举，嘉靖二十六年成进士，是同安第一个武进士，授所镇抚职。
嘉靖三十四年，倭寇侵犯江苏，势甚猖獗，参将俞大猷为副总兵，奉檄征剿。朝廷下诏天下，征用将材。总督张经以应魁归大猷统率，大猷高兴地说：邹招抚军来，倭不怕不平了！命应魁提兵据守平望桥。不久，倭寇来犯，应魁以偏师绕其后，击败之，追斩和追溺倭寇1000多人。衢山告急，牒令应魁驰援，应魁即带船队出发，途中遇到2艘贼舰诱战，应魁率舰追击，薄暮追至蒲湾，冲入倭贼埋伏圈，倭舰猬集包围，应魁沉着应战，督舟师乘风冲杀。天明时舰队至马迹，应魁身负重伤，仍包扎创伤奋呼死战，士兵感动，人人奋勇，终于大败倭贼。俞大猷亲自为他解衣敷药，抚慰再三，并命他移师吴淞。嘉定有急转嘉定，上海有急趋上海，江阴有急援江阴；贼寇无所不攻，应魁无所不应。川沙窑一战，擒斩倭贼尤多，战绩赫赫。
俞大猷移守浙江，请派应魁同去，应魁招募勇士300人为前锋。是时，倭寇据险立栅死守，应魁令300勇士冲贼巢，贼见兵少，据栅坚守，不以为意。适逢天下大雪，应魁利用天时地形，令300勇士披蓑，持火药，夜半潜抵贼栅，挂蓑栅上，再悬火药，蓑着火，片刻火焰熊熊，风助火势，火助兵威，贼栅一片火海，300勇士鼓噪冲进，倭寇被焚死杀死殆尽。这一战应魁以奇制胜，以少胜多，号称“冠军”。
嘉靖三十五年，两浙俱遭倭寇荼毒，巡按御史赵孔昭奏闻，诏令总督胡宗宪拟定剿寇方略上报。胡宗宪一面申报，一面檄令应魁督兵黄窑港。一日，已近黄昏，倭贼大批涌至，联舟为营，应魁鼓励将士说：趁贼扎营未定，一鼓作气，可以败之。传令将士各标双灯为号，直冲贼舰。霎时炮弩齐发，呼声震天，倭贼焚死溺死者无数，一部分残贼逃遁茶山、北洋，应魁穷追猛打，-皆捷。这时，倭贼将入七了港，应魁在敌后设伏，亲督大兵迎敌，伏兵奋起夹击，又大破之，直追至乍浦。余贼遑急转航，又被击沉船只2艘。这一战是抗倭史上一次大胜利，御史叙功上奏，所有立功将帅都获赏，应魁升为南直游兵把总。经兵部-，又升永宁卫指挥使。不久，转为刘家河把总，后再转耑山把总。嗣追击倭贼于三片沙，击沉贼船2艘，斩首甚多，再升福建都司署都指挥佥事，诰授昭勇将军。
应魁将赴福建就任，监军唐顺之上 书巡抚，请求让应魁以福建衔领浙直事，专守江南。倭寇窜犯江南，屡遭失败，至此转而窜犯江北。有司劾总兵卢镗纵敌贻患，置诏狱，应魁受到牵连，被解职归里。
嘉靖四十二年，倭寇在广东潮、惠间登陆劫掠。总督吴桂芳请派应魁为惠潮参将，应魁赴粤，所率哨船不到30艘，遇上贼船百余艘。他乘夜截击，自掌中军，首当其冲，自寅时战至辰时，越战越勇，终于冲破贼围。又联合诸路军兵，大破贼兵。事平，-理应升赏，而闽巡抚竟以应魁未再任命不予任用。应魁遂请求离职回家，闭户读书，校对《春秋》、《左传》，寄情诗酒，附近名山如大轮、夕阳、慈云、天马等，他都曾登临题咏，著有诗稿行世，还有《射法》一书。
应魁才兼文武，智勇双全，惜未尽其用。他以孝友闻名乡里。终年76岁。